De vestiging van het centrale gezag heeft een ingrijpende verandering in het geheel van competenties en taken van de stad Leeuwarden en haar bestuur als gevolg. Het omdraaien van die sleutel neemt enkele jaren in beslag, te beginnen met 24 oktober 1498, als de nieuwe vorst de stad met geweld aan zijn gezag onderwerpt en haar de soevereiniteit ontneemt op grond waarvan ze eigenstandig verdragen met andere steden kon sluiten en misdrijven van hals en hoofd kon berechten. Een nieuwe centrale waterstaatsorganisatie per 'land' (i.c. Oostergo) wordt op 2 april 1503 ingevoerd en met ingang van 3 juli 1504 geldt een geheel nieuw systeem van rechtspraak, waarbij Leeuwarden en passant tevens tot hoofdstad van het gewest aangewezen wordt.
Alles bij elkaar betekende de vestiging van een centraal gezag in Friesland een grondige (her-) structurering van de gewestelijke politieke verhoudingen, maar voor Leeuwarden dus ook het definitieve verlies van de eigen stedelijke soevereiniteit. De nieuwe provinciale bestuurslaag nam de meeste belangrijke competenties van de stad over. Eigenlijk heeft het gewest zijn macht over de stad door de eeuwen heen steeds verder uitgebreid. Weliswaar leek met de opstand tegen koning Philips II in de jaren tachtig van de zestiende eeuw de stad tegenover de provincie weer wat van haar zelfstandigheid en macht terug te winnen, maar de confrontatie liep in 1615 uit op een duidelijke overwinning van de stadhouder, die - vooral informeel - een steeds belangrijker machtsfactor binnen het gewestelijke bestuur werd.

Wanneer de formele machtsstrijd tussen stad en provincie ten voordele van de laatste uitvalt, kan de eerste alsnog wat feitelijke invloed proberen terug te winnen door versteviging en uitbreiding van haar actieve deelname in het gewestelijke bestuur. Deze stedelijke invloed binnen het gewestelijke bestuur is in Friesland echter - in vergelijking met de situatie elders in de Nederlanden - zeer beperkt gebleven. Eerst na langdurige strijd werd de stedelijke stem - waarbinnen Leeuwarden als slechts één van de elf steden formeel niet eens de boventoon voerde - in maart 1579 naast de drie traditionele plattelandskwartieren Westergo, Oostergo en (sinds het midden van de vijftiende eeuw) Zevenwouden formeel als afzonderlijk vierde kwartier erkend. Bij scheidsrechterlijke uitspraak van Willem van Oranje van 11 februari 1584 zou de stedelijke macht tenslotte nog een fractie worden vergroot met de bepaling dat het college van Gedeputeerde Staten in het vervolg negen leden zou tellen waarvan er drie uit het stedelijke en telkens twee uit de overige kwartieren afkomstig zouden zijn, een verhouding die zich vervolgens tot 1795 heeft gehandhaafd.

De in 1504 nieuw verworven status van hoofdstad van Friesland kreeg veel praktische consequenties voor de verdere ontwikkeling van Leeuwarden, dat voor de vorst niet alleen een waardig symbool van zijn status moest vormen maar samen met de andere steden ook een burgerlijk tegenwicht moest bieden tegen de hoofdelingenadel als traditioneel machtigste factor in het gewest. Zo kon het gebeuren dat in 1515 definitief de 'olderman' uit het stadsbestuur verdween en de adel daar sindsdien amper nog in vertegenwoordigd is geweest. Eveneens in 1515 werd de stad eindelijk bevestigd in haar gezag over het gehele middentrimdeel van Leeuwarderadeel, dat haar bijna een eeuw lang door de grietman was betwist. *  Dergelijke en een aantal incidentele gunstbewijzen bevorderden - naast uiteraard de vestiging in Leeuwarden van de diverse gewestelijke bestuursinstituties - dat Leeuwarden als een van de weinige steden in de Nederlanden gedurende de zestiende eeuw fors in omvang toenam, van ongeveer 4.500 inwoners in het begin tot ongeveer het dubbele in 1580.
Een belangrijk privilege voor de stad was het recht, haar eigen bestuur te kiezen. Dat werd in 1515 door de landsheer in zoverre bevestigd dat de stad jaarlijks een voordracht (nominatie) mocht doen, waaruit Stadhouder en Hof hun uiteindelijke keuze (electie) zouden maken. In 1586 kreeg de stad door tussenkomst van de Staten Generaal haar oorspronkelijke recht op eigen electie terug, om het in 1748 weer te moeten afstaan aan de stadhouder, die sindsdien (vanuit Den Haag) door middel van een speciale vertegenwoordiger (aanvankelijk Nicolaas Arnoldi, vanaf 1777 de 'premier' Jhr. Willem Hendrick van Hambroick) permanente controle en invloed uitoefende.

De Bataafse revolutie in 1795 bracht geheel andere verhoudingen teweeg. Toonden de eerste jaren nog een opgevoerde politieke spanning tussen stad en gewest, de overdracht in 1798 van de gewestelijke soevereiniteit aan de Bataafse Republiek betekende voor Leeuwarden vooral dat de stedelijke zaak voortaan een stuk verder weg, in Den Haag, moest worden bepleit.

Op de samenstelling van het stadsbestuur sedert 1516 zal in de toelichting op hoofdstuk 2.6 nader worden ingegaan. In grote trekken kan hier worden aangegeven dat de magistraat steeds het centrum van de plaatselijke macht heeft uitgemaakt. Naast deze magistraat (of raad) had de Gemene Dertien zich als controlerend en medebeslissend orgaan met wisselende invloed uiteindelijk weten te handhaven onder de naam van Gezworen Gemeente. In 1657 werd zij vervangen door een Vroedschap van veertig man, in schijn naar Hollands model, maar met onvergelijkelijk veel minder macht. Het feit dat de leden van dit orgaan voor hun leven gekozen werden impliceerde voor velen van hen, op grond van status en verkiesbaarheid in de magistraat, natuurlijk wel een aanzienlijke persoonlijke invloed. Een derde orgaan dat tot het stadsbestuur kan worden gerekend was het twintigtal officieren of 'bevelhebberen' van de schutterij, dat bij belangrijke kwesties van openbare orde met de beide andere colleges mee vergaderde.
De Bataafs-Franse tijd geeft als typische overgangsperiode een bont beeld van steeds wisselende organisatievormen en competenties te zien. Voor zover noodzakelijk zal dat telkens op de functionele plaats nader worden toegelicht. Hier kan in het algemeen worden gezegd dat de omvang van het dagelijks bestuur gelijk bleef, maar dat de namen ervan, de personele samenstelling en de wijze van benoeming veranderden, evenals op den duur de competenties. Zo werden in 1796 voor het eerst directe verkiezingen in moderne zin uitgeschreven, waarbij de nieuwe Municipaliteit ('Raad der Gemeente') door 'Grondvergaderingen' gekozen werd, die overigens vervolgens weer spoedig aan invloed hebben ingeboet. Wat de competenties betreft: vanaf 1802 werden de rechtsprekende bevoegdheden geleidelijk van de bestuurlijke losgeweekt, om op 28 februari 1811 definitief aan het Vredegerecht te worden overgedragen.

In de uitoefening van zijn functies werd het bestuur bijgestaan door vaste ambtenaren en door personen met wie het specifieke overeenkomsten afgesloten had. Is er in het Stadboek nog in vage termen sprake van 'officiers' die 'geordiniert' zijn om de 'pollicien toe onderholden' *  , in de loop van de zestiende eeuw kristalliseert het beeld zich uit. Het ambtenarenapparaat beperkt zich tot een klein aantal vaste functionarissen, zoals de al genoemde stadssecretaris en stadsbode(s), de klerken, de wachtmeester (politieagent) en zijn handvol (meest vier) assistenten, de (procureur-)fiscaal, die in directe opdracht van de magistraat verdachte personen arresteert of voor het gerecht daagt, de pensionarissen, die de gerechtelijke vonnissen ontwerpen (en tevens de stad in rechte vertegenwoordigen), en de executeur (soms tevens wachtmeester), die de vonnissen helpt uitvoeren. Daarnaast fungeert er een aantal semi-ambtelijke helpers zoals de bier-, de turf-, de kaas- en de roggedragers, en eventuele -meters, die transportdiensten aanbieden en daarbij namens de stad toezicht houden op een eerlijke handel. Tenslotte zijn er in de financiële sector functionarissen die als zelfstandig ondernemer worden gecontracteerd, zoals de rentmeesters en de collecteurs der belastingen.
Overigens zijn de 'ambtenaren' niet precies ambtenaren in de huidige zin van het woord. De stadssecretaris bijvoorbeeld ontvangt een bepaald salaris, maar krijgt daarnaast voor bepaalde verrichte - meest justitiële - handelingen afzonderlijk betaald. Bovendien heeft hij zelf de beide klerken in dienst, maar die worden doorgaans dan weer wel door de stad betaald. Geleidelijk evolueert het ambt van secretaris in moderne richting, zodat deze in 1798 zijn voorheen eigen bijzondere inkomsten alle aan de stad moet afstaan.

Op de functies die het meest vorm hebben gegeven aan het stadsarchief zal in het volgende hoofdstuk nader worden ingegaan.

Ten behoeve van een efficiënte bestuurlijke organisatie en administratie was de stad sinds de vijftiende eeuw in zgn. 'espels' onderverdeeld. Van deze espels waren er oorspronkelijk vier, die rond 1600 nader werden opgesplitst tot het tiental dat zich tot 1877 (toen onder de naam van 'wijken') als belangrijkste administratieve indeling van de stad zou weten te handhaven. De term 'wijken' wordt tot en met de achttiende eeuw in de regel voorbehouden voor veel kleinere administratieve eenheden die mogelijk teruggaan op een veel oudere indeling in gebuurten. In de achttiende eeuw waren er daar ongeveer negentig van. Eraan verbonden waren telkens twee of drie wijkmeesters, die tot taak hadden de bewoningstoestand in hun wijk in de gaten te houden en met name gevallen van illegaal verblijf en ernstige armoede te signaleren.