Bij de nieuwe indeling der bisdommen in 1559, waarbij alle onder Habsburgs bewind staande provincies onder eigen (aarts)bisdommen werden gebracht, werd Leeuwarden, voordien onder Utrecht en Keulen behorende, tot zetel van een nieuw bisdom aangewezen en de St. Vituskerk van Oldehove tot kathedraal *  . Maar toen in 1564 Remigius Diritius tot bisschop van Leeuwarden werd benoemd verklaarden met de niet Roomsen ook de gewestelijke en stedelijke overheden van Friesland zich tegen het bisdom en waarschuwden zij de koning voor de te verwachten moeilijkheden. Het gevolg was dat de benoemde bisschop niet verscheen en later het bisdom Brugge aanvaardde. Nu werd in een vergadering van de Raad met de bevelhebber der Schutterij op 6 september 1566 besloten, mede op aandrang van de voorzittende burgemeester Tjerk Walles, de "oude eeredienst" af te schaffen en de Hervormde daarvoor in de plaats te stellen.

De magistraat gelastte de pastoors der drie parochiekerken hun particuliere eigendommen uit de kerken weg te nemen, liet de beelden verwijderen en muurschilderingen overwitten, terwijl verder de kerken voor de Hervormde eredienst geschikt werden gemaakt. Door deze "geordende beeldenstorm" werden grotere vernielingen aan de kerken voorlopig voorkomen. De uitreiking van het Heilig Avondmaal vond voor het eerst in de St. Vituskerk plaats op 15 sept. 1566 door de dominees A. Nicolai en M. Eliacus. Bij de invoering van de Hervormde eredienst werd de uitoefening van die der Roomsen verboden terwijl vele priesters uit eigener beweging tot de Hervormde kerk toetraden. Deze eerste reformatie bleek echter slechts tijdelijk; op last van de Landvoogdes Margaretha van Parma moesten de Hervormde leraren worden afgezet en de Rooms Katholieke kerkdienst hersteld. Ondanks hevig verzet van de magistraat moest wel worden toegegeven toen de stadhouder, de hertog van Aremberg, vergezeld van een krijgsmacht orde op zaken kwam stellen. De vrije uitoefening van de Hervormde eredienst werd verboden, de kerken werden weer in hun oude luister hersteld en op 24 jan. 1567 kon de St. Vituskerk weer door de Rooms Katholieken in gebruik worden genomen.

Na de komst van Alva in 1567 werden hernieuwde pogingen in het werk gesteld de Bisschopsstoel in Leeuwarden te bezetten. Dit had succes toen door Paus Pius V op 15 september 1569 Cunerus Petri tot Bisschop te Leeuwarden werd aangesteld *  . Op 1 februari 1570 aanvaardde hij zijn ambt, waarna hij eerst in het patershuis van het Grauwe Bagijnenklooster zijn onderdak vond en later in het abtshuis van het Bergumerklooster (tegenwoordig de Provinciale Griffie) zijn intrek nam.

Eerst na 1577 werd opnieuw de vrijheid van godsdienst onder enkele beperkingen mogelijk. De religie-vrede van 1578 te Antwerpen gegeven, werd op 3 augustus van datzelfde jaar door de Raad van Leeuwarden aangenomen. De Hervormden kregen door bemiddeling van de magistraat gelegenheid om de kloosterkerk der dominikanen (de Grote kerk) te huren teneinde daar op 13 augustus 1578 hun eerste godsdienstoefening te kunnen houden, terwijl de Rooms Katholieken gebruik bleven maken van de drie parochiekerken en voor de dienst van het klooster tevens van de Grote kerk. De restauratie van de oude kerk die in 1567 was ingezet liep hiermede af en vond haar definitieve einde na het verraad, van Rennenberg in 1580, toen bij Staatsbesluit de Roomsen verboden werd hun erediensten te houden en de Gereformeerde kerk als de ware Christelijke kerk werd erkend. Bisschop Cunerus Petri werd op 22 maart 1578 te Harlingen gevangen gezet en vandaar met een vast inkomen naar Bergum verbannen. In 1580 is hij vertrokken naar Munster en korten tijd later in Keulen overleden *  .

Bij het verbod tot uitoefening van de godsdienstoefeningen der Rooms Katholieken kregen de gereformeerden de volledige beschikking over de Grote of Jacobijner kerk en de St. Vituskerk van Oldehove. De parochiekerken van Nijehove en Hoek werden aan hun bestemming onttrokken. Wel werd c. 1590 door de overheid de in 1940 afgebroken kerk van het Minderbroedersklooster (Galileërkerk) aan de hervormden gegeven en in 1637 kon ook de kapel van het klooster der Grauwe Bagijnen (Westerkerk) door hen in gebruik worden genomen. Tenslotte werd nog de uit 1530 daterende kapel van het dominicanessenklooster der H. Apostelen (het z.g.n. Witte Nonnenklooster) in 1659 opengesteld voor de gereformeerde godsdienstoefeningen. Eerst voor de Waalse gemeente na welker opheffing in 1888 de kerk op 6 dec. volgens contract van 26 maart 1799 (zie inv. nr. 1705, 226) aan de Ned. Herv. Gemeente Leeuwarden werd overgedragen.

Nu de Rooms Katholieke eredienst was verboden kreeg het stadsbestuur krachtens de resolutie van gedeputeerde staten van 31 maart 1580 het beheer over de Patroons-of kerkegoederen van o.a. de drie parochiën Oldehove, Nijehove en Hoek. Het werd uitgeoefend door de rentmeester der Geestelijke goederen en zo gescheiden gehouden van de eigen inkomsten der Stad. Van deze inkomsten moesten de traktementen der predikanten etc. en het onderhoud der kerken worden betaald. Ook kwam de Stad in het bezit van de gebouwen en goederen der vier kloosters, waarvan in 1583 op zekere voorwaarden weder afstand werd gedaan ten behoeve van het St. Anthony Gasthuis, het Old Burger Weeshuis en de Stadsarmen. Het laatstgenoemde deel bleef onder het beheer van het Stadsbestuur in een afzonderlijke rekening, de quotisatie rekening. In de latere jaren is er nog veel te doen geweest over al deze geestelijke en kerkegoederen. Een laatste rapport werd in 1921 opgemaakt door Prof. mr. L.J. van Apeldoorn-diens dissertatie was hiervoor de aanleiding-waarna een proces over het eigendomsrecht met de gemeente Leeuwarden volgde. Het werd in 1935 door de kerkvoogdij beëindigd nadat het proces in twee instanties verloren was,werd de dagvaarding in cassatie ingetrokken,daar een positief resultaat niet mogelijk bleek.

Werden aanvankelijk vier predikanten door de Stad betaald, spoedig bleek dit te weinig zodat er in 1628 een vijfde en bij het in gebruik nemen van de Westerkerk een zesde predikant werd beroepen. Het stichten van een zevende predikantsplaats bracht meer moeilijkheden met zich mee. Eerst behielp men zich ter verlichting van de taken der zes predikanten met hulppredikanten en pas op 7 maart 1791 werd door de Raad, met goedkeuring van de Staten, besloten een zevende predikant aan te stellen. Toen er in 1796 echter één stierf verbood de municipaliteit de vervulling der vacature. Ook het aanstellen van een hulppredikant werd niet meer toegestaan. Toen moesten ter verlichting van de zes overige predikanten de predikbeurten worden verminderd. Dit besluit bracht vele protesten en ook spanningen in de kerkelijke gemeente met zich mee, waarbij verwijten aan de predikanten als zouden zij zich niet naar behoren voor de kerk willen inspannen onredelijk lijken. Daar tijdens het Franse bewind toch geen mogelijkheid aanwezig was tot het verkrijgen van een zevende predikant,moest worden gewacht op een gunstiger tij. Dit kwam met Koning Willem l en een verzoek aan deze werd dan ook op 24 december 1816 verzonden (inv. nr. 1492). De motivering was dat meerdere van de nu dienstdoende predikanten reeds ouder waren dan zeventig jaren, reeds eerder een zevende predikant was toegestaan en dat het aantal lidmaten, bij de telling in 1814 12491, slechts weinig minder was dan het aantal benodigd voor een zevende predikant. Het resultaat was dat de gemeente sinds 1819 weder zeven predikantsplaatsen telde.

Deze benoeming van een predikantsplaats was slechts één van de moeilijkheden van de kerk ten gevolge van de omwenteling. Scheiding van Kerk en Staat, gelijkheid in rechten van alle godsdienstige gezindten enz. waren besluiten die de Hervormde kerk gevoelig troffen. In 1798 werd bepaald dat elk kerkgenootschap voortaan zelf voor zijn gebouwen moest zorgen en ook zijn erediensten, predikanten enz. zelf zou moeten bekostigen. De Geestelijke goederen en de fondsen werden tot nationaal bezit verklaard terwijl de kerkgebouwen, voorzover ze geen eigendom waren van een kerkelijke gemeente, gemeenschappelijk eigendom van alle kerkgenootschappen werden. De Hervormde Gemeente Leeuwarden bezat geen kerkgebouwen in eigendom. Haar drie kerkgebouwen waren het eigendom van de Stad,terwijl die der Waalse gemeente de provincie toebehoorde. De gebouwen moesten worden getaxeerd en werden aldus geschat: de Grote kerk f 18682,-, de bijbehorende kosterij f 2925,--, de Galileërkerk f 6366,-, de Westerkerk f 10597,--en de Waalse kerk op f 3415,--, zonder het orgel, dat eigendom der kerkelijke gemeente was. Het totale bedrag moest over het zielental der respectievelijke kerkgenootschappen worden omgeslagen. Dat betekende dat de Rooms Katholieken, Israëlieten, Doopsgezinden, Waalsen en Jansenisten ieder in verhouding van hun lidmaten een aandeel in deze kerkgebouwen van de Hervormden konden vorderen. Dat deze reeds door het Stadsbestuur goedgekeurde verdeling ,die de Hervormde Gemeente hier in zeer grote moeilijkheden zou hebben gebracht, niet is doorgegaan is te danken aan de andere kerkgenootschappen die, met uitzondering van de Jansenisten die voor hun tien zielen f 24,50 beurden, van hun aandeel afzagen. Zo kon op 26 maart 1799 door het Stadsbestuur een akte van afstand worden opgemaakt,waarbij de Hervormde Gemeente van Leeuwarden in het bezit werd gesteld van de kerkgebouwen, zij het zonder de torens die tot 24 april 1902 eigendom van de burgerlijke gemeente bleven.

Het Algemeen Reglement van 7 januari 1816 bij K.B. uitgevaardigd door koning Willem l bracht vele veranderingen in het kerkelijk bestuur met zich mee. Ook werd een tijdperk van betrekkelijke chaos afgesloten. Het systeem van kerkelijke vergaderingen volgens de Dordtse kerkorde van 1618/19-niet door Friesland aanvaard dat zich formeel hield aan de Middelburgse van 1581-verdween en de leiding werd gelegd in handen van besturende colleges, waarin hoofdelijk werd gestemd. De invloed van de Staat op de kerk bleef. Na de omwenteling was ook nog in de Franse tijd een sterke binding tussen de overheid en de kerk gebleven. Het Algemeen Reglement van 1816 bracht hierin niet veel verandering. Zowel Lodewijk Napoleon als Koning Willem I namen na 1798 weer financiële verantwoordelijkheid op zich, nadat was gebleken dat met name in Holland de predikanten zonder inkomsten waren komen te zitten. Met de nieuwe grondwet in 1848 kwam er een duidelijke uitspraak over de scheiding die verder werd uitgewerkt in de kerkorde van 1852, waarin de kerk zich een eigen bestuurselement schiep. Toch lijkt het er op,dat pas met de kerkorde van 1951 een nieuwe periode is aangebroken.

Misschien kan het veranderen van het kiessysteem-niet meer door coöptatie-een der oorzaken zijn geweest van het zich ontwikkelen van een "partijenkerk". Door de getrapte verkiezingen werden de kiescolleges belangrijk zodat de verschillende richtingen in de kerk kiesverenigingen gingen oprichten. De "kiesmannen" hadden door dit systeem grote invloed op de kerkelijke bestuurders en "partijstrijd" was dan ook niet zeldzaam. Het uitdelen van pamfletten en ander propaganda-materiaal tegen de tijd dat de "kiesmannen" moesten worden gekozen was, evenals bij de politieke strijd, gewoon. Dat deze gang van zaken niet bevorderlijk was voor de invloed der kerk in de samenleving laat zich raden. Van de richtingen binnen de Nederlands Hervormde kerk kende de Leeuwarder gemeente er drie, confessionelen, evangelischen en vrijzinnigen. Op de eerste en laatste komen wij later terug bij de beschrijving harer archieven, maar bij gebreke daaraan moge hier een enkel woord over de evangelische volgen.

De Evangelische of Groningse richting, in Leeuwarden lange tijd de belangrijkste, ontstond in de eerste helft der negentiende eeuw aan de universiteit te Groningen en was de eerste die als organisatie optrad. De op een vergadering te Zwolle in 1946 ontbonden stroming is met de te Leeuwarden weinig voorkomende ethische in de z.g.n. midden-orthodoxie opgegaan. Archivalia van de landelijke vereniging en van enkele afdelingen zijn op de Groninger Universiteitsbibliotheek terechtgekomen maar zijn daar niet toegankelijk. Het archief van de afdeling Leeuwarden waar laatstelijk in 1939 werd genotuleerd is onvindbaar en wellicht verloren gegaan.

Tot 1951 is deze wijze van getrapte verkiezingen gebleven, maar de richtingsstrijd begon te verflauwen. In het laatst der dertiger jaren kwamen zelfs de candidaten der drie partijen op één lijst uit, wat overigens de opkomst der stemgerechtigden minder bevorderde. De oorlogsellende bracht de mensen nog dichter bij elkaar en men bezocht vaker diensten van andere richtingen. In 1945 vonden de vertegenwoordigers van de verschillende richtingen elkaar in het z.g.n. kerkelijk gesprek. Hiermede bereikte men dat de richtingsstrijd overging in de fase van het gesprek. Dit alles droeg er toe bij om tot een betere onderlinge verstandhouding te geraken. Er werd ernst gemaakt met een aanvaardbare wijkindeling voor de gemeente. Vooral ds. F.H. Bruins, zelf vrijzinnig, zette zich hiervoor in en naar zijn idee werd Leeuwarden één van de eerste Hervormde gemeenten in Nederland waar op deze wijze de richtingsstrijd kon worden beslecht. Hij deelde de stad op in drie sectoren, elk weder onderverdeeld in drie wijken. ledere sector (buurtschap) zou drie predikanten krijgen, zo mogelijk behorende tot elk der drie richtingen. Op de vergadering van de Algemene Kerkeraad van 19 juni 1945 werd aldus besloten. Bij de invoering van de nieuwe kerkorde van 1951 bleek dat er geen enkele organisatorische verandering in deze opzet nodig was. De buurtschappen werden wijkgemeenten met eigen wijkkerkeraden.

Wel werden bij die gelegenheid de kiescolleges opgeheven, wat op 28 mei 1951 gebeurde. De ouderlingen en diakenen worden van dat moment af rechtstreeks gekozen door de lidmaten, waarbij in Leeuwarden voor de candidaatstelling het convent van kiesverenigingen werd ingeschakeld. Al deze veranderingen, die natuurlijk ook hun neerslag hebben gekregen in de administratie,gaven ons aanleiding de inventaris bij de invoering van de nieuwe kerkerde af te sluiten, hoewel het niet altijd mogelijk bleek om hierin volmaakt consequent te zijn.

De archieven van kerkeraad en kerkvoogd ij werden door ons aangetroffen op verschillende plaatsen in de kosterij Achter de Grote Kerk. Een groot gedeelte was beveiligd tegen brand maar helaas niet tegen vocht, daar de kluis, die de belangrijkste bestanddelen bevatte, slecht geventileerd kon worden, met alle nare gevolgen van dien. De lang verbeide verhuizing van het gemeentearchief bood de mogelijkheid om in een betere bergplaats voor het archief te voorzien. In overleg met de kerkelijke bestuurders werden de archivalia van kerkvoogdij en kerkeraad in 1970 op het gemeentearchief gedeponeerd. Met het diakoniearchief was het juist andersom gesteld. Dit was opgeborgen op de zolder van het diakoniehuis. Na te voren te zijn geborgen in een uiterst vochtig hokje in de tuin van het diakoniehuis, stond het er nu wel droog, maar erg stoffig en brandgevaarlijk. Ook deze archivalia werden door het college van diakenen in 1970 in bewaring gegeven aan het gemeentearchief waar nu de archieven der Hervormde Gemeente, met inbegrip der daartoe behorende verenigingen e.d. c. 38 strekkende meter beslaan.

Mede door de vele omzwervingen van de archieven-zo werd ook nog in 1935 een gedeelte opgeborgen in het z.g: "Spookkamertje" van de kosterij-liet ook de materiële toestand veel te wensen over. In onze eigen restauratieafdeling werden reeds vele delen en stukken onderhanden genomen en we hopen dit in de loop der jaren te kunnen voortzetten. Helaas was ook de orde in de archieven ernstig verstoord. Vele nog in oude inventarissen voorkomende stukken zijn niet meer terug te vinden; portefeuilles met losse stukken waren uiteen gevallen en totaal doorelkaar geraakt en werden in een enkel geval als een hoop oud papier teruggevonden. Gebonden delen waren later weer uiteen genomen en de inhoud elders ondergebracht. Bundels van stukken betreffende bepaalde onderwerpen waren door onderzoekers gevormd. Het bleek, dat in een lange reeks van jaren ieder eigenlijk toegang had tot het oud archief en daaruit kon lenen wat hij op dat moment nodig had. Wanneer het dan terug kwam werd het vaak te willekeurig opgeborgen.

Een voorbeeld vormen de stukken betreffende de orgels. In 1847 werd er door het college van kerkvoogden een commissie van twee leden benoemd voor het toezicht op de kerk-orgels en de organisten. Dr. L. Proes was één hunner en in 1881 zond deze het archief der nooit officieel opgeheven commissie aan de kerkvoogden. Het was een portefeuille met o.a. stukken betreffende het plaatsen van nieuwe orgels in de Westerkerk 1844-1847 en in de Galileërkerk 1828-1832. Deze stukken zijn slechts gedeeltelijk en verspreid teruggevonden. Hieruit blijkt dat deze portefeuille later weer uiteen is gehaald, maar dat ook dr. L. Proes oudere stukken uit het archief van de kerkvoogdij had geleend en niet op hun plaats terug bracht. Er is wel vaak geprobeerd orde op zaken te stellen, o.a. nog in de vijftiger jaren door de heren Brolsma en Oprsal, maar het gebrek aan een goede bewaarplaats met een deskundige beheerder stonden een blijvende goede orde der archieven in de weg. Ook heeft deze orde in het verleden veel geleden door al diegenen die het erg goed meenden maar dan ook ieder voor zich een ander systeem inbrachten en het werk van hun voorgangers wilden verbeteren.

Met deze inventarisatie heeft de geschiedenis zich in feite herhaald. Toen in 1867 H. Eilers-amanuensis van de provinciale bibliotheek en het rijksarchief-van de kerkvoogdij de opdracht tot inventarisatie van de archieven kreeg, klaagde hij ook over het verspreid zijn van de stukken. Aankomsttitels van eigendommen b.v. waren lang niet alle meer te vinden. Er is toen geïnventariseerd zonder het inzicht dat later werd verworven inzake het ordenen en beschrijven van archieven. Zo valt het te betreuren, dat hij de opzet van het archief totaal heeft veranderd en adviezen aan de kerkvoogden heeft gedaan over het uiteennemen van banden om beter rubriekdossiers te kunnen vormen. Inhoudsbeschrijvingen heeft hij in ruime mate gemaakt en het zou tegenover de maker niet fair en voor de gebruiker een handicap zijn als deze arbeidsintensieve bewerking van het archief zonder meer aan kant was gezet als in strijd met de handleiding. De gebruiker van onderstaande inventaris zal dan ook meermalen naar deze uitvoerige indices worden verwezen. Wat de acquisitie der archieven betreft hebben wij getracht door persoonlijke contacten, oproepen in "Hervormd Leeuwarden" enz. de archivalia zo compleet mogelijk te verkrijgen. Wij vleien ons niet met de gedachte alles te hebben gekregen wat o.m. nog in particulier bezit is. We hebben veel medewerking gehad maar toch zijn alle toezeggingen niet gehonoreerd. De misvatting dat archief gevormd door b.v. een commissie particulier bezit is moest weer worden bestreden.

Door het in bewaring nemen van het archief hebben wij getracht een einde te maken aan het verlies van stukken uit dit voor de geschiedenis van de Hervormde Gemeente van Leeuwarden waardevolle archief. Het is nu voor ieder ter inzage onder de zelfde bepalingen als gelden voor de overheidsarchieven die naar de openbare archiefbewaarplaatsen zijn overgebracht. Alleen de stukken betreffende personen zoals b.v. de inventaris nummers 522-549 zijn pas honderd jaar na het opmaken openbaar.

Het samenvallen van de restauratie van de Grote of Jacobijnerkerk met de inventarisatie van de archieven der Hervormde Gemeente Leeuwarden was louter toeval. Voor de kerkrestaurateurs was het misschien wat lastig dat de archieven minder gemakkelijk konden worden geraadpleegd, maar met het vorderen van de inventarisatie konden zij ook worden geinformeerd en de inventarisator had het voordeel dat duidelijk het belang van het archief bleek.

Wij hebben getracht waar mogelijk en met inachtname van bovengenoemde inventaris van H. Eilers, de oude orde te herstellen. Aan de oude inventarissen der archieven van diakonie en kerkeraad kon grotendeels voorbij worden gegaan. Voor de indeling werd mede gebruik gemaakt van de "richtlijnen inzake de zorg voor archieven der Nederlandse Hervormde Kerk". Rest ons nog de heer K. Hoekstra, tijdelijk werkzaam geweest op het gemeente-archief, hartelijk dank te zeggen voor zijn zeer gewaardeerde hulp.
js. 1974.