Over de vroege wordingsgeschiedenis van de kerk te Roordahuizum zijn niet veel historische gegevens bekend. Mogelijk ontstond de kerk als huiskapel van het geslacht Aytta. Zeker is dat er in de 13e eeuw al een kerk te Roordahuizum bestond, die in de 15e eeuw door de huidige zaalkerk met driezijdig gesloten koor werd vervangen.

De verzelfstandiging van de kerkgemeente werd gemarkeerd door de beroeping van de predikant Andries Harckes in 1586. Tijdens het Ancien Régime bleven de meeste predikanten ongeveer tien jaar in de gemeente. Opvallend zijn de lange predikantschappen van Bartholdus de Haan (1697-1738) en Henricus Lubeley (1751-1781).

In 1803 werd Hanso Henricus Schotanus á Sterringa Lemke in Roordahuizum beroepen. Hij overleed er in 1837. In de vacature werd voorzien door vier kandidaten te laten proefpreken voor vier geziene inwoners, waaronder de grietman Van Sytzama van Idaarderadeel. Uit de kandidaten werd Anne Tjittes Reitsma uiteindelijk gekozen. Reitsma vroeg in januari 1845 ontslag omdat hij in Groningen kon worden benoemd: “De kerkenraad nam alsoo uit deszelfs handen over alle boeken en papieren betreffende deze vergadering en de gemeente, onder ZWE berustende en na alles in orde te hebben bevonden aarzelde de kerkenraad niet, hoewel het denzelven smartte zijn leeraar niet langer in zijn midden te mogen behouden, een eervol ontslag te verlenen.”

Nadat het ambt van predikant maandenlang door een consulent werd waargenomen, deed Tjeerd Pyttersen in april 1846 zijn intrede te Roordahuizum. Hij beleefde er op 30 november 1879 zijn emeritaat: “Heden namiddag nam onze geliefde leeraar de heer T. Pyttersen een hartelijk afscheid van deze gemeente, sprekende over Joh. 13:34a. Eervol emeritus verklaart, werd hij na het einde der godsdienstoefening op eene eervolle wijze van zijn dienst uit de gemeente ontslagen.” In het laatste jaar van zijn predikantschap maakte Pyttersen nog de afbraak van de oude zadeldaktoren van het kerkgebouw mee. In 1878 werd die toren vervangen door een in eclectische vormen gebouwde toren van drie geledingen met ingesnoerde naaldspits. Boven de ingang van de toren aan de westzijde staat op een gevelsteen dat de eerste steen gelegd is op 1 juni 1878 door de kerkvoogden C. Bergsma, J.I. Boersma en A. Wiersma in tegenwoordigheid van architect-aannemer J.R. Nijdam te Irnsum.

Het vertrek van Pyttersen luidde een periode van modernisering in de kerk in. De consulent Huibert Greebe, predikant te Grouw, verbeterde in 1879 de kerkelijke organisatie. Hij liet een lijst van stemgerechtigde lidmaten samenstellen, die er tot dan toe niet was. Ook stuurde hij aan op de samenstelling van een reglement op de benoeming van predikanten, ouderlingen en diakenen.

De kiesgerechtigden lieten in maart 1880 hun stem horen, toen zij zich uitspraken voor de beroeping van Melle Goeman, voorheen predikant te Huins en Lijons. Goeman deed op 27 juni 1880 zijn intrede in de gemeente en trof er onder andere een diaconie aan met financiële zorgen: “De Br. Diakenen, op wier verzoek de kerkeraad heden is vergaderd, deelen aan de overige leden mede, dat naar hun oordeel, de diaconie zich zonder aan de Christelijke liefde te kort te doen, om de ongunstige staat van de diaconiekas vooral op bezuiniging moet toeleggen.“ Twee weduwen kregen voortaan 50 cent per week minder. Enkele jaren later noopten de krappe financiën van de diaconie tot het aanvragen van subsidies bij het Burgerlijk Armbestuur. Een verbetering in de financiële toestand werd pas aan het einde van de 19e eeuw bewerkstelligd.

In 1885, kort voor het vertrek van Goeman, werd de kerkenraad uitgebreid met twee leden, waardoor deze nu drie diakenen en drie ouderlingen telde. Een jaar later werd afscheid van de predikant genomen. Het vervullen van de vacature bleek uiterst lastig. Veel kandidaten bedankten voor Roordahuizum, waardoor er maandenlang een consulent-waarnemer moest optreden.

Pas op paasmaandag 2 april 1888 kon de nieuwe dominee Willem Jan Hendrik van der Zwaag in de kerk worden verwelkomd. Hij bleef tot 1899 in Roordahuizum en werd per 13 mei van dat jaar opgevolgd door dominee Benjamin Boers, voorheen predikant te Kedichem.

Zo rustig als het predikantschap van Van der Zwaag verliep, zo tumultueus werd het tijdperk Boers. Boers was een voorganger die het conflict niet meed. De nieuwe predikant ontpopte zich in de eerste jaren na de eeuwwisseling als een felle socialist. Hij was in 1904 initiatiefnemer voor het oprichten van een SDAP-afdeling in Roordahuizum en daarnaast een overtuigd geheelonthouder.

In het eerste decennium van de 20e eeuw volgden de conflicten met de predikant elkaar in hoog tempo op. Boers kwam in aanvaring met kerkenraadsleden, kerkvoogden en lidmaten over een keur aan onderwerpen. Enkele keren was een vermeende beïnvloeding van kerkelijke stemmingen de steen des aanstoots, maar ook Boers’ politieke uitlatingen konden niet overal op sympathie rekenen. De ‘Friese Lenin’ liet niet bidden in de kerk, maar de Internationale zingen.

Zijn onorthodoxe manier van optreden leidde diverse malen tot schorsingen door het Classicaal Bestuur. In 1907, 1908 en 1910-1911 werd de predikant tijdelijk van zijn ambt ontheven en vervangen door een consulent. Na de laatste schorsing raakte de kerkgemeente in rustiger vaarwater, hoewel Boers zelf nog niets van zijn scherpte had verloren.

In 1917 keerde de ‘rode dominee’ zich af van de SDAP en werd hij communist. Vanaf de kansel verbaasde hij door radicale uitspraken, als: “men binde minister-president Colijn een molensteen om zijn nek en werpe hem in zee.” Opvallend was dat de dominee een volledig kritiekloze houding ten aanzien van de Sovjetunie aannam.

In 1936, aan de vooravond van zijn emeritaat, werd Boers nog eenmaal door het Classicaal Bestuur geschorst. In april 1937 keerde hij kortstondig terug. Op 1 mei 1937, notabene de Dag van de Arbeid, ging hij met emeritaat. In 1939 bracht Boers samen met de communist Gerrit Roorda een bezoek aan Moskou. In de meidagen van 1940 werd hij als potentieel staatsgevaarlijk persoon geïnterneerd. Tijdens de bezetting werd de oud-predikant door de Duitsers ongemoeid gelaten. Hij overleed in 1952 in Heemstede.

De reputatie die de gemeente Roordahuizum had gekregen door het spraakmakende predikantschap van Boers was niet bevorderlijk voor het vervullen van de vacature. Politieke invloeden, door Boers in de kerk geïntroduceerd, bleven een rol spelen. In 1941 speelde er in de kerkenraad een discussie over het beroepen van dominee Bosch, die ‘vrijheidsbonder’ was en daarom in Roordahuizum niet op zijn plaats zou zijn. Men zocht daar een vrijzinnige en meer ‘rode’ dominee. Pas op 16 december 1942 kon Engelbert Snijdelaar worden bevestigd, nadat vele kandidaten de revue waren gepasseerd. Hij trof een gemeente die toen bestond uit 581 zielen, waaronder 206 lidmaten, 75 gedoopten en 300 geboortezielen.

Snijdelaar loodste de gemeente door de bezetting. In juli 1945, slechts een paar maanden na de bevrijding, werd hij beroepen naar De Wilp. Op 13 mei 1946 werd hij opgevolgd door Tjeerd Jelle de Boer, die in augustus 1948 vertrok naar Hardegarijp.

Op 10 april 1949 werd dominee Pouwel Inberg, voorheen predikant te Norg, geïnstalleerd. Hij bleef langere tijd in de gemeente en maakte een periode mee waarin de kerk zich steeds meer profileerde op sociaal-maatschappelijk gebied. Na de oorlog werden er commissies voor het zendingswerk en het jeugdwerk opgericht en kon er een gezinsverzorgster worden aangesteld.

In 1951 werd de Nieuwe Kerkorde ingevoerd, maar Roordahuizum handhaafde het vrij beheer door de kerkvoogdij. De kerkvoogden voerden van oudsher het beheer over de zathe en landen aan de Haedstrjitte 23 te Roordahuizum en over de zathe “De Grote Twixel” aan de Overijsselsestraatweg 4. In 1934 kwam er een derde boerderij aan de Ayttawei 35 bij. De boerderijen werden alle drie in de jaren ’80 en ’90 verkocht.

Tot het onroerend goedbezit van de kerkvoogdij behoorden voorts enkele burgerhuizen nabij het kerkgebouw aan de Ayttawei, evenals de pastorie en het kerklokaal. Tot 1961 waren pastorie en (sinds 1903) kerklokaal gevestigd aan de Haven. De oude pastorie werd halverwege de 20e eeuw zodanig gebrekkig, dat herhuisvesting of ingrijpende verbouwing moest worden overwogen. Door de verhuizing van de Landbouwschool kwamen er achter het kerkgebouw in 1961 twee panden vrij die door de kerkvoogdij werden aangekocht. De voormalige directeurswoning werd pastorie, terwijl het schoolgebouw in gebruik werd genomen als kerklokaal. De oude panden aan de Haven werden verkocht aan het Roordahuizumer aannemersbedrijf Stelwagen en Van Gorkum, dat op het terrein later nieuwbouw pleegde.

De kerkelijke financiën van de eigen en omliggende gemeenten nodigden na de Tweede Wereldoorlog uit tot het omzien naar grotere verbanden. Al aan het einde van de jaren ’40 werd verkend of een combinatie van Roordahuizum met Idaard-Aegum-Friens mogelijk was, maar de plannen werden op dat moment niet verder uitgewerkt. Ook een voorgesteld pastoraal verband met de gemeente Irnsum-Poppingawier kwam in 1955 niet tot stand.

De besprekingen met Irnsum werden begin jaren ’60 weer hervat en leken door het ontwerp van een nieuw Plaatselijk Reglement ook concreet te worden. Het vertrek van dominee Inberg in 1964 zette haast achter de plannen. Uiteindelijk kwam er in 1965 geen combinatie met Irnsum tot stand, maar een met Idaard-Aegum-Friens. Als nieuwe predikant werd dominee Henri Jean Ernst Caron uit Marum beroepen. Hij deed op 31 juli 1966 zijn intrede en nam in 1978 afscheid. In 1981 werd hij opgevolgd door Andries Kobus.

Hoewel het aantal kerkleden in verhouding tot de situatie een halve eeuw eerder sterk was afgenomen, bleek de kerk in de jaren ’80 nog altijd op een sterke achterban te kunnen rekenen. De grootschalige restauratie van het in- en exterieur van het kerkgebouw, die in de jaren ’80 op last van de kerkvoogdij werd uitgevoerd, werd gedeeltelijk gefinancierd met leningen vanuit de dorpsgemeenschap.

Het restauratieproces van het kerkinterieur was nog niet voltooid toen de kerkgemeente Roordahuizum haar zelfstandigheid verloor. Per 1 januari 1994 fuseerde de gemeente met het naburige Idaard-Aegum-Friens, waarmee al sinds 1965 een combinatie bestond. De nieuwe gemeente ging verder onder de naam Hervormde gemeente Reduzum-Idaerd c.a.

Volgens aantekeningen in de notulenboeken van de kerkenraad werd het archief van de kerkenraad lange tijd opgeborgen in een houten kist, die onder de predikant berustte. Bij het wisselen van predikanten werd die kist doorgegeven aan de waarnemer of opvolger.

Tijdens de perikelen met dominee Boers in 1908 werd de kist van dubbele sloten voorzien, zodat raadpleging van het archief alleen kon plaatsvinden onder toezicht: “Aan de orde is thans de overname van het kerkeraadsarchief volgens art. 14 reglement […] Ds. Boers heeft thans gezegd dat het archief aanwezig is. Bij vergelijking van den inhoud daarvan met den overgelegden inventaris blijkt dat de No’s van den inventaris 3, 4, 5, 10 en 12 ontbreken. Ook wordt niet gevonden de ligger van het traktement van den predikant. Dit laatste stuk wordt door een van de kerkeraadsleden staande de vergadering van ds. Boers te zijner huize opgevraagd en verkregen. Overigens blijkt het archief in de gewenschte orde, alleen de bergplaats voldoet niet aan de vereischten, daar zij bestaat in een ongesloten houten kistje, waarbij geen sleutels aanwezig zijn. Er zal gezorgd worden dat dit kistje van een dubbel slot wordt voorzien, waarvan een sleutel zal worden gegeven aan den consulent en een aan den ouderling J. Wytsma, ten wiens huize het archief tijdens de schorsing zal worden bewaard.”

De kwaliteit van de kerkelijke administratie, vooral die van de lidmaten, liet soms te wensen over. In 1888 werd “door de voorz. medegedeeld dat het lidmatenboek der gemeente zich in geheel onvoldoenden toestand bevindt, niet alleen door de verwarde wijze van in en afschrijving, maar ook door verzuim van afschrijving bij vertrek of overlijden. Hij stelt voor daarin nog zoo veel doenlijk voor de komst van ds. Van der Zwaag te voorzien en daartoe terstond over te gaan. Nadat daartoe besloten was worden de in- en afschr. over de laatste 40 jaar gerevideerd en zoveel mogelijk met den feitelijken toestand in overeenstemming gebracht.” Bij de kerkvisitatie in 1912 werd wederom “aangedrongen [op] de aanschaffing van een paar nieuwe lidmatenboeken en een beter inrichten daarvan.“

In 1962 werden de oudere bestanddelen van het archief van de kerkvoogdij in bewaring gegeven bij het Rijksarchief in Friesland, thans Tresoar. Het archief werd daar aangevuld met een serie oude kerkvoogdijrekeningboeken, die naar het familiearchief Van Sminia waren afgedwaald.

Omstreeks 1974 werden ook archiefstukken van de kerkenraad en de diaconie bij het Rijksarchief ondergebracht. De nieuwere delen van het archief bleven opgeslagen in een kast in het kerkelijk lokaal aan de Ayttawei. Toen Sjoerd de Haan, archivaris bij Tresoar, omstreeks 2010 op persoonlijke titel begon aan het selecteren en ordenen van het archief, trof hij ook nog grote hoeveelheden 19e en vroeg-20e eeuwse archivalia aan, die kennelijk buiten de eerdere overdrachten waren gebleven.

Nadat de eerste selectie door De Haan was voltooid en er geen mogelijkheid bestond om ook de inventarisatie door hem te laten verrichten, werd het archief in 2013 overgedragen aan de gemeente Boarnsterhim. Na een kortstondige opslag in de archiefbewaarplaats te Grou zijn de bescheiden in het najaar van dat jaar overgebracht naar het Historisch Centrum Leeuwarden. Daar is het archief in 2015 integraal geïnventariseerd. Tijdens de inventarisatie zijn de archiefbestanddelen die eerder bij Tresoar waren ondergebracht opnieuw met het archief samengevoegd. De vernietiging heeft zich beperkt tot doublures en financiële hulpadministraties.