Over de hele zestiende tot achttiende eeuw heeft het stadsbestuur zich intensief bemoeid met het godsdienstige leven, zo mogelijk op institutionele wijze en anders wel langs meer informele of incidentele weg.
Belangrijke invloed oefende de overheid uit op de totstandkoming en het onderhoud van de kerkelijke gebouwen (zie hiervoor rubriek 2.10.2.1.7). Dat gold voor de zestiende eeuw, toen ze bijvoorbeeld - samen met de kerkvoogden - Jacob van Aken contracteerde voor de bouw van een nieuwe Oldehovetoren en -kerk; het gold nog sterker in de volgende eeuwen, toen de stad het volledige beheer van alle geestelijke goederen ten bate van de heersende hervormde ('Gereformeerde') kerk op zich genomen had (zie de inleiding van hoofdstuk 2.9.1). Voor haar materiële bestaan was de kerk bijna helemaal van deze goederen afhankelijk: predikanten, kosters, organisten en andere kerkelijke beambten werden ervan gesalarieerd, terwijl ook andere materiële uitgaven eruit werden bekostigd, tot extra uitgaven voor de diakonie toe. Het revolutionaire elan van de jaren 1795 e.v. inspireerde tot plannen tot herverkaveling van de goederen over de verschillende kerkelijke gezindten. Kort na 1800 zagen de nu als volwaardig erkende andere kerkgenootschappen op pragmatische gronden van hun aanvankelijke aanspraken af (zie hieronder, par. 3.1).
Een vergelijkbaar beeld geeft de praktijk van de benoeming van pastoors en dominees te zien: in de zestiende eeuw wees het stadsbestuur één van de beide Oldehove-pastoors aan, in de zeventiende en achttiende koos het alle 'gereformeerde' predikanten uit een voordracht van drie door de kerkeraad.

Van belang is een globaal inzicht in de religieuze gezindheid van de stedelijke overheid en haar houding tegenover andere stromingen c.q. kerkgenootschappen. De rooms-katholieke gezindheid wankelt in de tweede helft van de zestiende eeuw, onder aanvankelijk vooral doperse en later calvinistische invloed. Men verzet zich tegen de vestiging van een nieuwe bisschopszetel in de stad en van 6 september 1566 tot 24 januari 1567 is zelfs sprake van een officiële vervanging van de katholieke door een hervormde eredienst. Vlak voor de definitieve reformatie, van augustus 1578 tot januari 1580, zijn korte tijd beide toegestaan. De volgende eeuwen is de gereformeerde kerk de heersende en worden de strijdige geloofspraktijken soms voorzichtig en soms fanatiek bestreden. Pas na een eeuw worden deze geleidelijk en onder stricte voorwaarden (zoals het onderhoud van eigen armen) getolereerd, pragmatisch erkend. De lutherse gemeente krijgt in 1681 formeel toestemming voor de bouw van een direct aan de straat gelegen kerk, in 1776 worden de seculiere R.K.-priesters officieel toegelaten tot de zielzorg. De doopsgezinden vormen onder de 'dissidenten' de meest ontwikkelde en welvarende groepering en in de revolutionaire jaren 1780-1787 en 1795 e.v. grijpen zij een politieke hoofdrol.
De eigen archieven van de verschillende religieuze instellingen zelf bevinden zich voor het grootste deel in het Historisch Centrum Leeuwarden: toegangsnummers 76, 76-A en 76-B (Rooms-Katholieke staties), 72, 656 en 72-A-1 (Nederduits en Waals Gereformeerde gemeenten), 74-B (Evangelisch-Lutherse gemeente), 75 (Doopsgezinde gemeente). Het bewaard gebleven archiefje van het zestiende-eeuwse Dominikanessenklooster berust momenteel in het Sint Agathaklooster bij Cuijk. Een charter uit 1508 betreffende inhechtenisneming van de Bergumer pastoor Johannes van der Elburch, dat in de inventaris van Singels voorkomt onder nr. 136, werd in 1893 overgedragen aan het Rijksarchief in Friesland.

De stukken onder inv.nr. 3317 hebben soms wellicht geen gerechtelijke maar een kerkelijke functie gehad.