Het begin van de Leeuwarder archiefvorming kan worden gesitueerd in het tweede kwart van de vijftiende eeuw. Vóór die tijd heeft de stad uiteraard wel stukken ontvangen en opgemaakt, *  terwijl ze al in de dertiende eeuw over een eigen zegel heeft beschikt, *  maar van een structurele archiefvorming lijkt dan nog geen sprake te zijn. Tegen het midden van de vijftiende eeuw kwam er een vaste stadssecretaris in functie, waar er voordien incidenteel van de diensten van het dominicanenklooster en misschien van die van het kleine kapittel van St.-Vitus gebruik kan zijn gemaakt. *  Op details van de middeleeuwse en de vroegmoderne archiefvorming zal in de afzonderlijke inleidingen van de betreffende afdelingen, c.q. bij de concrete beschrijvingen der stukken, nader worden ingegaan; hier kan een algemene karakteristiek worden gegeven.

Was de middeleeuwse archiefvorming nog weinig strikt en formeel gereguleerd en is de grens tussen enerzijds de stukken die onmiskenbaar als publiek en van de stad en anderzijds de stukken die zo half en half tot de privé-administratie van de secretaris moeten hebben behoord nog tamelijk vaag, de archiefvorming van de zestiende eeuw vertoont een geheel ander beeld. Leeuwardens positie binnen groter bestuurlijk verband is sterk veranderd, er zijn stedelijke competenties verdwenen en er moet op niet-vrijblijvende wijze druk met een hogere overheid worden gecommuniceerd. Daarbij dwingt de sterk groeiende stroom van archivalia tot verdergaande administratieve professionalisering en formalisering, wat onder andere in een toenemende serievorming resulteert. *  Die wordt ons het eerst zichtbaar bij de gerechtelijke stukken, met name in een (bijna geheel verloren gegane) serie procesdossiers en een vanaf 1537 aanvankelijk zeer lacuneus bewaard gebleven serie 'Recesboeken'. Mogelijk is de serie 'Memorialen' de oudste geweest; helaas is die eerst vanaf 1595 (al spoedig onder de naam Resolutiën) bewaard gebleven.

De belangrijkste geachte, zeg gecanoniseerde, losse stukken werden in een stadskist bewaard, die vermoedelijk aan het eind van de eeuw te klein en daardoor te onoverzichtelijk geworden was. Rond de verhuizing in 1595 van het raadhuis aan de Grote Hoogstraat naar het Waltahuis aan het Herenwaltje is de inhoud van de kist vrij uitgebreid geregistreerd in een monumentaal gebonden inventaris, later het 'Oud Register' genoemd. Maar de ordening binnen dat register is niet monumentaal: de stukken lijken door secretaris Gellius Hillama niet chronologisch of thematisch, maar zomaar op volgorde van grijpen te zijn geregistreerd en genummerd; na de eerste twaalf (bijna allemaal) privilegiën beginnen alle denkbare categorieën door elkaar te lopen en bij de eerste afsluiting op nummer 106 is duidelijk dat de zoekende functionaris de steun van enige vorm van logica zal moeten ontberen en vooral op zijn geheugen zal moeten vertrouwen. In de tezelfdertijd beschikbaar gekomen - andermaal monumentale - loketkast blijkt het kersverse archiefnummer 1 meteen in een andere lade te zijn overgeplaatst, *  waardoor het nieuwe archiefbeheer nog meer van zijn glans verloor. Overigens werd voor het gebrek aan consistentie in de opbouw van de inventaris - dat met elke voortaan vooral chronologisch bepaalde nieuwe registratie alleen nog maar erger kon worden - een tegenhanger gevonden in een rituele raadpleegcultus. De kast was (en is, nog steeds) van vier sloten voorzien waarvoor elk van de vier burgemeesters één sleutel bezat. Het openen van dit heiligdom diende derhalve een plechtige handeling te zijn, volvoerd (en gecontroleerd) door de vier hogepriesters van de magistraat.

Aan het eind van de zestiende eeuw was het administratieve systeem van de stad Leeuwarden voor een aantal eeuwen dus in grote trekken wel bepaald, de feitelijke archiefvorming was en bleef in hoge mate van vooral de secretarissen afhankelijk. Hierbij moet met name Nicolaas Arnoldi worden genoemd, die in 1722 aantrad na een periode van betrekkelijke verwaarlozing van het archief. Op zijn initiatief werden verspreid geraakte bestuursbesluiten verzameld, gebonden en zo nodig in het net gekopieerd; zelf vervaardigde hij een omvangrijke trefwoordenindex op de resoluties uit de jaren 1642-1722. In 1723 werd geregeld dat voor de toegankelijkheid van de loketkast voortaan de aanwezigheid van de secretaris was vereist en daarnaast van nog slechts één, de presiderende, burgemeester. Waarschijnlijk heeft Arnoldi ook de hand gehad in een vervanging van het oude Register van 1597 - dat na begin 1723 niet meer was aangevuld - door een plaatsingslijst met veel beknoptere beschrijvingen op volgorde van een nieuwe en wat logischer fysieke berging in de laden, die wellicht omgewerkt had moeten worden tot een rubriekmatig ingedeelde inventaris. * 

Vanaf 1722 zijn ook de ingekomen stukken bewaard gebleven, mogelijk als gevolg van hun inbinding, maar het is ook goed mogelijk dat dit laatste door de oudere Arnoldi is gerealiseerd. Na zijn vertrek als secretaris in 1732 keert hij namelijk onmiddellijk terug, nu als burgemeester, om zijn invloed in bestuur en administratie steeds verder te zien groeien. Als wat oudere man worden zijn bemoeienissen karikaturaal. Zo stelt hij in 1770 op eigen houtje een nieuwe instructie op voor de eerste klerk, die daar ook - in aanwezigheid van secretaris Bourboom - de ambtseed op aflegt; maar zijn collega-magistraten houden de poot stijf en trekken de instructie in. Curieuzer nog zijn alle aanvullingen en correcties die hij achteraf aanbrengt in het archief. Zo gaat hij alsnog zijn handtekening zetten waar die in zijn ogen ten onrechte ontbreekt (bijvoorbeeld onder stadstimmerman Nootebooms ontwerptekening voor de nieuwe raadhuisvleugel *  ) en geeft hij commentaar conform zijn eigen staatsrechtelijke inzichten; als fervent dienaar van de stadhouder noemt hij bijvoorbeeld het beroemde charter uit 1586 betreffende het stedelijke recht op eigen magistraatsbestelling 'removeabel'. *  Dit doet hij overigens allemaal met de gemakkelijk herkenbare bevende hand van een oude man.

Een andere figuur die vóór 1811 op het inmiddels historisch geworden gedeelte van het stadsarchief een merkbaar stempel heeft gedrukt is oud-rentmeester Gerard Jacob Voorda, die in 1794 de 'canonieke' losse stukken met gebruikmaking van Nicolaas Tholens Register van Verbonden opnieuw beschreef en hun oude volgorde van 1597 herstelde. *  Een paar jaar later, toen hij formeel tot (onbezoldigd) 'Archivarius' was benoemd, heeft hij ze ook herordend, naar een zelf-ontworpen rubriekensysteem, waardoor ook de tot dan altijd in gebruik gebleven oorspronkelijke nummering tenslotte plaats moest maken. Zijn gloednieuwe Register verscheen in 1803 in druk. In feite begint met deze inventarisatie de nageschiedenis van het stadsarchief, de geschiedenis van het stadsarchief als historisch project. * 

Voorda's werk is door zijn latere opvolger, de eerste 'echte', bezoldigde gemeentearchivaris Wopke Eekhoff bij herhaling op de korrel genomen. *  Op zichzelf gerechtvaardigd - maar wel wat breed uitgemeten - is daarbij Eekhoffs kritiek op Voorda's analyse van sommige stukken, die vaak inderdaad tot gebrekkig leesvermogen te herleiden is. Zijn vernietigende commentaar op Voorda's rubriekenindeling verdient tenminste de kanttekening dat die reminiscenties oproept aan de vage rubrieksmatige indelingen die in de loop van de negentiende eeuw vrij algemeen in zwang kwamen en die - in al hun primitiviteit - wel degelijk als intuïtieve pogingen tot reconstructie van een soort gemiddelde oude orde kunnen worden gezien. * 

Belangrijker is misschien het bezwaar dat deze vriendelijke en nette man met radeermesje en pen de oorspronkelijke nummering op de stukken zo onmerkbaar mogelijk in zijn eigen nieuwe probeerde te veranderen en bovendien sommige stukken in zijn sierlijke handschrift met pen van nieuwe opschriften of correcties voorzag. Dat laatste was overigens iets waar ook Eekhoff zich aan bezondigde, en wel op nog veel ruimere schaal: het leek wel of deze de documenten eerst met zijn eigenhandige opschriften definitief voltooid achtte. * 

Maar dit ging bijna allemaal nog om dat kleine deel van de archivalia dat voor de status en de rechten van de stad als het belangrijkste werd gezien; in 1824 vond een ramp plaats waardoor het overige gedeelte van het archief ernstig werd aangetast. Die ramp betrof het overhaaste optreden van de nieuwe gemeentesecretaris L. Ypey, die - na de overdracht enkele maanden eerder van zo'n vijftig meter oud-rechterlijke archivalia aan het Rijk - in november opdracht gaf tot een nog weer verdergaande opruiming in de vorm van de verkoop van 'scheurpapier en oude boeken', die tenslotte een extra inkomstenpost van 528 gulden opleverde. *  Gegeven de geringe omvang van de oude Stadsbibliotheek negen jaar later, *  is het waarschijnlijk dat ook deze onder de saneringswoede heeft geleden en - bij verkoop van de boeken als zodanig, niet als oud papier - een aanzienlijk, maar niet nader te kwantificeren, aandeel in deze som heeft gehad. Het totaalbedrag levert dus geen indicatie op voor de hoeveelheid 'scheurpapier', maar van een groot aantal nu ontbrekende archiefseries is bewijsbaar dat ze er vóór 1824 nog waren. Zo is het overgrote deel van de stedelijke en de gewestelijke belastingkohieren toen verdwenen, misschien ook een grote massa niet-ingebonden procesdossiers, en alle boelgoedsboeken op één na. *  Hetzelfde geldt voor alle stedelijke rekeningen uit de zestiende en zeventiende eeuw en bijna alle geestelijke en quotisatierekeningen (om van hun bijlagen niet te spreken).

Een heel klein deel van het verlies van deze laatste kon worden gecompenseerd met enkele tientallen achttiende-eeuwse rendantsexemplaren, die in 1834 uit de boedel van oud-rentmeester Voorda opdoken, terwijl door een gelukkig toeval de geestelijke rekeningen van 1580-1583 tijdens hun transport door een vriend van W. Eekhoff uit de papiermassa werden gered en veertien jaar later met Eekhoffs benoeming tot stadsarchivaris weer in de schoot van het archief zijn teruggekeerd. * 

Want hoe men het ook wendt of keert, de benoeming in 1838 van Wopke Eekhoff tot Gemeentearchivaris is een zegen voor het geteisterde stadsarchief geweest. *  Eekhoff paarde een romantische lokaal-patriottische motivatie aan een nog grotere pragmatische zin en heeft veel gedaan om het historisch onderzoek te stimuleren, om te voorkomen dat er nog belangrijk materiaal verkwanseld werd en om het bronnenbestand verder te verrijken. Dat laatste heeft hij niet alleen op de Kunstverzameling en de Bibliotheek toegepast, maar zelfs ook op het stadsarchief. Uit diverse andere archieven en verzamelingen voegde hij daar stukken tussen die om hun inhoud meer licht op de Leeuwarder geschiedenis zouden kunnen werpen.

Voor het behoud van het archief heeft Eekhoff een aantal belangrijke acties ondernomen in de vorm van het doen inbinden van een aantal seriële losse stukken, met name de correspondentie en de stedelijke en landspublicatiën. Zijn omgekeerde actie, het wegslopen uit de eerste Leeuwarder Plakkaatboeken van de stukken die hij een individuele beschrijving waardig achtte, valt vanuit moderne inzichten af te wijzen, maar heeft geen duurzaam negatieve gevolgen gehad omdat het behoud van die weggehaalde stukken door die individuele beschrijvingen en hun toevoeging vervolgens aan het oude bestand van gecanoniseerde stukken, eveneens min of meer werd gegarandeerd.

Zijn werkzaamheden aan de toegankelijkheid van het archief hebben zich in principe over alle stukken uitgestrekt, maar daarvan resteren ons alleen nog de talloze beschrijvingen op het seriële en losse materiaal zelf; beschrijvende lijsten zijn er niet van overgeleverd. Maar zijn belangrijkste aandacht heeft zich toch, geheel in de traditie, op de beschrijving van de canonieke stukken geconcentreerd. Hij vond dat Voorda daar een potje van had gemaakt en heeft diens werk overgedaan met zijn veel grotere historische en paleografische kennis, maar ook vanuit het principiële uitgangspunt dat de stukken alle chronologisch dienden te zijn geordend. *  Zijn chronologische lijst heeft hij inderdaad voltooid en zelfs tot 1810 nog kunnen laten drukken; *  van de in zijn ogen daarbij vereiste systematische index is het helaas niet meer gekomen, laat staan van zijn in 1878 uitgesproken voornemen om de inventaris zich over alle stukken te laten uitstrekken. * 

Eekhoff stierf in 1880 en zijn feitelijke opvolger als gemeentearchivaris, A. Telting, heeft de plannen tot postume uitgave van het al gedrukte inventarisgedeelte alsnog geblokkeerd. Zijn kritiek op zijn voorganger lijkt enerzijds nogal persoonlijk gemotiveerd, *  anderzijds had hij feitelijke bezwaren tegen de uitgebreide historische toelichtingen waarin Eekhoff de geschiedenis van Leeuwarden uiteenzette. *  Met dit bezwaar haalde Telting zelfs hét (inter) nationale handboek van de archivistiek; *  Eekhoff strooit zijn commentaren, speculaties en zelfs morele oordelen inderdaad met gulle hand.

Maar ook Telting zelf moet er in bedoeld handboek aan geloven, ook al wordt hij er in dat verband dan niet met name genoemd. De door hem geëntameerde en door Singels voltooide en in 1893 gepubliceerde, nieuwe Leeuwarder inventaris wordt er aan een wezenlijker kritiek onderworpen. Die kritiek betreft de beperking van de inventaris tot losse stukken en het ontbreken van 'het belangrijkste deel van het archief (de gebondene deelen)' en daarmee van het totale structurele verband van het archief. *  In een tijd dat het structuralisme de archivistische discussie naar een wezenlijk hoger plan aan het tillen is, *  behelst de inventaris van Telting en Singels nauwelijks meer dan een tamelijk willekeurige lijst inhoudsbeschrijvingen, waarbij een aantal van Eekhoffs vergissingen is gecorrigeerd maar ook weer een aantal nieuwe fouten is toegevoegd. * 

-

Na Singels, die overigens nog vlak voor zijn vertrek een vijftal in zijn Inventaris opgenomen stukken aan het Rijk overdroeg (waaronder twee die in 1597 al in het stadsarchief hebben berust), *  is het op het terrein van de archiefbeschrijving meer dan een halve eeuw tamelijk stil gebleven. Mej. R. Visscher vervaardigde een regestentafel of inhoudsopgave van de tien 'Leeuwarder Plakkaatboeken', waarmee de door Eekhoff en sommige van zijn opvolgers daaruit weggehaalde stukken op papier weer werden teruggebracht. Samen met haar 'amanuenses' S.A. Sjollema, A. Kuipers en R. Te r Horst (en met gebruikmaking van aantekeningen van haar voorganger Eekhoff *  ) vervaardigde zij de eerste drie decennia van de twintigste eeuw méér van dergelijke nadere toegangen, meestal in de vorm van indexen op veel geraadpleegde series, onder andere ten behoeve van het genealogisch onderzoek. *  Na mej. Visscher is de aandacht voor de diverse vormen van nadere toegankelijkmaking gecontinueerd, met name door de inzet sinds de jaren vijftig van arbeidskrachten in het kader van de diverse vormen van sociale werkvoorziening en - vooral sinds de jaren negentig - van vrijwilligers.

Eigenlijk kwam de structuralistische archivistiek, die niet meer de inhoud maar de administratieve functie van de stukken tot uitgangspunt nam, pas in 1947 in huis met de benoeming van H.M. Mensonides. In zekere zin maakte deze een begin met de inventarisatie van het stadsarchief als geheel; hij vervaardigde althans de eerste moderne beschrijvingen van de series delen en banden van het niet-rechterlijke, het 'administratieve' gedeelte ervan, en plaatste die in een administratief-systematische orde. * 

Mej. Visscher had - met gebruikmaking van de beschrijvingen die Eekhoff op de stukken had genoteerd en van de kennis die zij zelf gedurende haar ruim dertigjarige archivariaat had opgedaan - vlak voor haar vertrek in 1933 nog een overzicht opgesteld van al die losse stukken die in het verleden de canonieke status niet deelachtig waren geworden. Maar meer dan een deskundige plaatsingslijst van een geïsoleerd deelbestand was dit niet geworden. *  Rond 1960 viel het ongelukkige besluit om dit bestand (wederom als een afzonderlijk geheel) te laten herordenen en van 'L-nummers' voorzien, nu door een tijdelijk medewerker die een ongetwijfeld hoog intellectueel niveau paarde aan een beperkte kennis van de Nederlandse taal, geschiedenis en archivistiek. Vooral het laatste bleek een groot nadeel; veel van de nog overgebleven systematiek werd verder opgeofferd aan een nieuwe vage rubricering. Ernstiger nog was, dat tal van rugvellen van katerns of dubbele folio's wegens gebrek aan inhoudelijke belang werden verwijderd, waarmee belangrijke administratieve aan- en verwijzingen definitief zoek zijn geraakt.

In 1975 werd eindelijk besloten dat het totale stadsarchief, als één geheel, definitief moest worden geordend en beschreven. Vanaf 1976 werden de 'administratieve series' opnieuw beschreven, eind jaren negentig volgde het zogeheten 'Oud Rechterlijk Archief', rond de eeuwwisseling het niet gecanoniseerde losse materiaal (het bestand van de L-nummers) en rond 2005 de stukken beschreven in de inventaris Singels. Tenslotte volgde in 2010 de definitieve integratie van deze vier bestanden, in totaal ongeveer 125 strekkende meter papier en perkament.