Vermoedelijk omdat de stads-, later gemeentearchivaris van Leeuwarden sedert de aanstelling van Wopke Eekhoff in 1838 nauw betrokken is geweest bij de vorming van het Secretariearchief *  is er feitelijk nooit sprake geweest van een formele overbrenging *  van de oude gemeentelijke archieven in diens beheer. De Gemeentearchivaris maakt in zijn jaarverslagen wel regelmatig melding van het overnemen van onderdelen van het in deze inventaris beschreven archief. In het jaar 1954 is het Secretariearchief tot en met het jaar 1904 overgenomen; in 1956 werden de archivalia van de afdeling Onderwijs in de depots geplaatst. In 1970 verhuisden de archieven in beheer bij de Gemeentearchivaris van het Stadhuis naar het nieuwe gebouw aan de Grote Kerkstraat 29. Er was hierbij voldoende ruimte beschikbaar om eveneens de belangrijkste onderdelen van het Secretariearchief over de jaren 1905-1941 naar de nieuwe archiefbewaarplaats mee te nemen. Daarnaast bleven gedeelten opgeslagen in de 'kluis' van het Stadhuis, en op de zolder van de Wissesdwingerschool. In 1993 werden naar aanleiding van de verhuizing van de 'Secretarie' naar het Stadskantoor aan het Oldehoofsterkerkhof een aantal 'vergeten' restanten overgedragen. In het kader van deze inventarisatie werden nog stukken uitgewisseld met het 'Archief der stad Leeuwarden 1533-1811' en het 'Archief der Gemeenstesecretarie 1942-1971' *