In de algemene inleiding werd een korte uiteenzetting gegeven van de keuze voor een wijde invulling van het begrip stadsarchief: niet alleen het archief van de stedelijke magistraat valt eronder, maar ook diverse archieven of archivalische relicten van gelieerde maar wel apart functionerende personen of instellingen, zoals commissies (Bouwcommissie, Malefaitsgericht), alsook rentmeesters, kunnen ertoe worden gerekend. Dat de archieven van stedelijke instellingen als de Latijnse school, het Nieuwe Stadsweeshuis en de Stads Armenkamer in deze inventaris niet beschreven zijn, vindt zijn oorzaak vooral in het feit dat hier al sinds lang bruikbare inventarissen van voorhanden zijn. *  Uiteraard wordt er op de geëigende plaatsen wél naar verwezen.

Maar ook indien voor de smalle definitie - van het stadsarchief als archief louter van de stedelijke magistraat - zou zijn gekozen, dan nog zouden, in tegenstelling tot wat algemeen bij stadsarchieven gebruikelijk is, ook de archivalia van rechtspraak, wezenzorg en financieel beheer hun hechte en organische plaats in het Leeuwarder stadsarchief toegewezen gekregen hebben. In Leeuwarden heeft de magistraat zich nooit in verregaand specialistische onderdelen opgeknipt, maar is eigenlijk altijd formeel als compleet college blijven optreden. Zo waren de bouwmeesters - wier primaire taak op het terrein van openbare werken en materieel en financieel beheer lag - evengoed medeverantwoordelijk voor de rechtspraak, terwijl de oorspronkelijke primaire rol van de schepenen op dit gebied in de zestiende en zeker de zeventiende eeuw verregaand was verbleekt. *  Wat betreft het specifiek archivistische perspectief: van in elk geval het volontaire en criminele deel van deze rechterlijke taak treft men ook in het traditioneel zo aangeduide 'administratieve' gedeelte van het magistraatsarchief de schriftelijke neerslag aan, in de wetboeken, maar ook bijvoorbeeld in de series 'Resoluties', die tot 1775 ook de criminele vonnissen hebben bevat. Daarmee vervullen deze rubrieken evengoed een 'algemene' functie ten opzichte van wat in de negentiende-eeuwse conventies als een apart staand 'oudrechterlijk archief' is opgevat en dienen deze stukken betreffende de rechtspraak dus een geïntegreerde plek in het totale archief van het stadsbestuur toebedeeld te krijgen. * 

De term 'Weeskamer' komt men zelden tegen in het laatzestiende-eeuwse materiaal, en daarna niet meer: het betrof mogelijk niet meer dan een tijdelijke commissie uit de magistraat. Ook van een afzonderlijke thesaurie lijkt nooit duurzaam sprake te zijn geweest. De dagelijkse financiële administratie werd gevoerd door de bouwmeesters, en daarnaast door gecontracteerde rentmeesters, wier belangrijkste rekeningen in principe collegiaal door de magistraat werden afgehoord (d.w.z. formeel goedgekeurd en vastgesteld). Dat bijna monolithische optreden bezorgde de Leeuwarder magistraat zijn relatief grote politieke macht: zijn politieke tegenhanger, de vroedschap, was geen schim van wat zij in bijvoorbeeld de Hollandse steden heeft voorgesteld.

In de eerste helft van de zestiende eeuw hebben zich in het Leeuwarder stadsarchief de eerste volwassen series gevormd, ten dele traceerbaar omdat er nu nog restanten van aanwezig zijn, maar ten dele ook bekend omdat er in andere stukken naar wordt verwezen.
De belangrijkste verwijzing geldt het zo genoemde 'Memorieboek', dat in elk geval in 1546 al moet hebben bestaan en waarin tenminste de resoluties van het stadsbestuur waren geregistreerd. *  Het heeft waarschijnlijk ook andere elementen bevat, zoals de contracten die later in de serie 'Stads Aktenboeken' werden geregistreerd. In het algemeen wordt de term 'memorieboek' gebruikt voor een register waarin uiteenlopende cruciale bestuurshandelingen worden geregistreerd en waaruit in de loop van de tijd diverse meer gespecialiseerde series worden afgesplitst. * 

Naast deze administratieve oerserie kunnen er voor het tweede kwart van de zestiende eeuw nog andere series worden aangewezen. Van 1537 dateert het oudste 'Recesboek', waarin aanhangig gemaakte, maar nog niet in procedure gebrachte geschillen van civielrechtelijke aard zijn aangetekend. De rechtszaken in enge zin vindt men dan terug in de serie procesdossiers, waarvan ons overigens alleen de jaargang 1533, in waarschijnlijk eigentijdse binding, resteert. De rechtshandelingen die in het kader van de uitvoering van het eindvonnis nog nodig blijken te zijn staan dan weer in het recesboek geregistreerd. Of de vonnissen zelf, die vanaf 1554 in de (definitief) 'Sententieboeken' kunnen worden getraceerd, voordien ooit - zoals de criminele vonnissen tot 1775 - als gewone resoluties zijn behandeld en in de memorieboeken opgetekend zijn geweest, valt niet meer te achterhalen. Verder is voor dit tijdvak nog een systematische burgerregistratie geïndiceerd (vgl. inv.nr. 1756), registratie van bakkers (731) en boedelinventarisatie (inv.nr. 3349), alle rond 1543; en uiteraard de stedelijke rekening (over 1529, verwijzing vanuit inv.nr. 732). Van de jaren twintig en dertig dateren ook de oudst bewaarde belastingkohiertjes (zie rubrieken 2.9.2.2 en 2.9.2.3.1). Gedurende het derde kwart van de eeuw komen vooral de series met betrekking tot overdrachten van onroerend goed op gang (zoals de 'Proclamatie-', de 'Decreet-' en de 'Consentboeken').

Na 1577, als de oude secretaris Matthijs Rommarts na een vrijwel continue ambtsuitoefening van 37 jaar aftreedt en wordt opgevolgd door Laurens van der Veen, wordt de stedelijke administratie in aanzienlijke mate vernieuwd. Zo wordt in 1579 de geldende wetgeving in deels vernieuwde vorm opnieuw geregistreerd in vier 'Policyboeken' in één band (enkele decennia later gesplitst in de huidige twee lederen banden). Ten gevolge van de kerkelijke en politieke revoluties van 1580 vormen zich de nieuwe administraties der 'geestelijke goederen' en in de loop van de jaren tachtig worden de nog bewaard gebleven, gedurende de zestiende eeuw ontvangen en opgemaakte Plakkaten (opnieuw?) gebundeld en tenminste gedeeltelijk in monumentale boeken afgeschreven. In die tijd start ook de wettelijk vereiste formele registratie van alle mogelijke rechtshandelingen waarbij weeskinderen belanghebbend zijn, alsook die van hypotheekstellingen. De serie 'Stads Aktenboeken' lijkt in 1588 te beginnen (als afsplitsing van de Memorieboeken?), van 1597 dateert de al vaker gememoreerde misschien wel eerste inventarisatie en registratie van de belangrijk geachte stedelijke charters (het 'Oud Register').

Toch is hier al met al geen sprake van een diepe administratieve cesuur: in archivistisch opzicht liggen deze vernieuwingen te zeer in het natuurlijke verlengde van de ontwikkelingen eerder in de eeuw.
Rond 1600 heeft zich het volwassen seriële vertakkingsysteem ontwikkeld waar de 'klassieke' archiefinventaris eigenlijk op ontworpen is. Zeer zeker is het in de Handleiding van Muller c.s. ontworpen inventarismodel ideaaltypisch (en in die zin een anachronisme, een hedendaagse projectie): de daar geformuleerde en nader uitgewerkte eis van een strikt logische opbouw zal in de historische praktijk nooit helemaal en vaak helemaal niet zijn gerealiseerd.

Een soepele toepassing van het klassieke indelingsschema verdient daarom aanbeveling. In het geval van deze inventaris geldt dat eens te meer omdat hier sprake is van een ruimer archiefbegrip, waarbij rond de administratie van het stadsbestuur in strikte zin nog andere archivalia zijn gedrapeerd. *  In principe zijn ze er allemaal: de stukken van algemene aard (dat wil zeggen de stukken die in principe elk taakveld kunnen betreffen waar het bestuurlijke handelen zich op beweegt) in de hoofdstukken 2.1 tot 2.5, tegenover de stukken betreffende afzonderlijke onderwerpen. Die laatste zijn weer onder te verdelen in de stukken betreffende het organisme (2.6-2.7), die met betrekking tot de middelen (2.8-2.10) en tot de taakuitvoering (2.10-2.19). Maar ze laten zich niet helemaal in het keurslijf van het strak-logische schema persen. Sommige 'algemene' hoofdstukken zijn dat toch ook weer niet helemaal (2.1 en 2.4), of op een heel andere manier (2.5), en het theoretische onderscheid tussen 'middelen' en 'taakuitvoering' wordt hier en daar door de eisen van de bestuurs- en beheerspraktijk doorkruist. Zo staan in hoofdstuk 2.10 de stukken van goederenbeheer en openbare werken broederlijk bijeen en soms door elkaar; van de belastinginning ten behoeve van het gewest (2.9.2.3) kan men niet zeggen dat zij op dezelfde manier als de eigen stedelijke belastingheffing (2.9.2.2) voor de stad een 'middel' is geweest; maar in beide gevallen heeft indertijd de technische en organisatorische praktijk hun combinatie eenvoudig gevergd.

Er is gekozen voor een traditionele volgorde van de hoofdstukken, *  maar zonder de pretentieuze explicitering van een als een godheid sturende onderliggende logica. Voor het praktische gebruik van deze inventaris is wel nog het volgende van belang. In zeer globale zin beweegt zich de reeks hoofdstukken 2.1-2.19 van meer algemeen in de richting van specifiek. In gevallen dat een stuk in meerdere hoofdstukken zou kunnen worden geplaatst, is steeds gekozen voor het meest specifieke (zo ver mogelijk naar achteren dus). Bijvoorbeeld: een stuk betreffende de financiering van een nieuw te bouwen Stads Armenhuis heeft aspecten van financieel en van goederenbeheer, maar ook van armenzorg. In principe is dan gekozen voor het laatste hoofdstuk, met eventuele verwijzing vanuit de eerdere, tenzij specifieke redenen (bijvoorbeeld een kennelijke herkomst uit de rentmeestersadministratie) zich daartegen verzetten.

De periode van de Bataafs-Franse revolutie(s), van 1795 tot 1811, vertoont een aantal diepe maatschappelijk-institutionele cesuren, die op de organisatie van de archiefvorming merkwaardig weinig effect hebben gehad: een indicatie niet alleen voor de eigen wetmatigheden waar de administratieve organisatie aan voldoet, maar ook voor de traagheid waarmee die zich aan een gewijzigde context aanpast. Een aantal wijzigingen hadden in theorie tot een chronologische onderverdeling aanleiding kunnen geven: 10 februari 1795 met de machtswisseling in de stad, 11 april 1798 met de centralisering van de soevereiniteit, 13 december 1802 met de formele afscheiding van de rechtspraak, februari 1808 met de personele afscheiding daarvan. Maar pragmatische overwegingen hebben geleid tot de beperking tot één enkele cesuur: die van de nacht van 28 februari op 1 maart 1811, toen de rechtspraak definitief uit de invloedssfeer van het stadsbestuur verdween, de Burgerlijke Stand werd ingevoerd en zojuist de gemeentelijke financiële administratie ingrijpend was gereorganiseerd.