De structuur van dit archiefgedeelte wordt vooral bepaald door de procedurele kant van deze rechtspraak, die in sommige zaken een hoge graad van complexiteit bereikt (vgl. in de literatuurlijst de Konst der Procureurs). Het streven van de rechtbank - en vaak ook van tenminste een van beide partijen - is er steeds op gericht, het laatste te voorkomen. In de eerste plaats zal de rechtbank er zorg voor dragen dat de vereiste procedures in acht worden genomen, zodat daar later geen extra geschillen over kunnen rijzen. Zo zal elke partij zich door een Procureur moeten laten vertegenwoordigen, die geen rechtsgeleerde hoeft te zijn maar wel door de rechtbank formeel moet worden toegelaten, erkend. Ook zullen in bepaalde gevallen borgen moeten worden gesteld en zullen buiten Leeuwarden woonachtige procesdeelnemers in Leeuwarden een formeel domicilie moeten kiezen. Steeds zal de rechtbank na een formeel verzoek van de eisende partij zelf opdracht geven aan een daartoe bevoegde ambtenaar (doorgaans een gerechtsbode) om de aangeklaagde partij te citeren, dat wil zeggen op te roepen om voor het gerecht te verschijnen om daar de (conclusie van) eis officieel aan te komen horen. Een bijzonder geval van gerechtelijke aanzeggingen vormen de denuntiaties, waarbij huis- of landeigenaren hun huurders formeel via de overheid laten weten dat hun de huur is opgezegd. Al deze procedurele voorzorgsmaatregelen worden in principe in de vorm van een akte of proces-verbaal in de 'rol', in het 'Recesboek', geprotocolleerd.

Ook wanneer de geciteerde partij aldus voor de rechtbank verschenen is, zal deze laatste nog proberen een geschil afgewikkeld te krijgen voordat de eigenlijke rechtszaak, de litiscontestatie, met een formele conclusie van antwoord definitief aanhangig wordt. Zo kan in geval van beledigingen, burenruzies of gildekwesties, getracht worden de kwestie in der minne te schikken in plaats van het tot een formeel gerechtelijk vonnis te laten komen (de beide laatste categorieën vindt men later in de registers van policy-uitspraken, inv.nrs. 1985-1988). Bij een eenvoudige geldelijke eis zal worden geprobeerd om van de geciteerde een akte van aanneming'los te krijgen, waarin deze verklaart zijn schuld op straffe van gerechtelijke veroordeling (condemnatie) binnen een bepaalde termijn alsnog te zullen voldoen. In het algemeen kan natuurlijk een der partijen worden verzocht om van enig verondersteld recht af te zien (te renuntiëren). Ook zal de gedaagde, wanneer hij in gebreke blijft zijn antwoord binnen de gestelde termijnen te leveren, door de eiser formeel van verstek kunnen worden beschuldigd (accusatio de contumacia); na drie contumax-verklaringen kan hij vervolgens worden gecondemneerd. Van zijn kant kan de geciteerde als excipiënt redenen aanvoeren, waarom hij niet tot een antwoord gehouden denkt te zijn, waartegen de eiser (als excipieerde) zich weer teweerstellen kan.

Dergelijke nevenprocedures, een soort mini-procesjes (de zogenaamde pleidooien), werden van gerechtswege bewust beperkt van omvang gehouden: er diende beknopt en mondeling te worden gepleit. Aanvankelijk werden niet alleen de betreffende verklaringen, accusaties en andere akten, maar ook deze pleidooien als geheel met uitspraak en al, door de secretaris of een van de klerken in het 'Recesboek' geprotocolleerd; zij waren immers primair procedure-gericht, dienden niet rechtstreeks de zaak ten principale.

Toen dit te onpraktisch werd - waarschijnlijk omdat het groeiende aantal pleidooien een te groot beslag op de arbeidskracht van de secretaris en zijn klerken én op de ruimte in het 'Recesboek' begon te leggen - werd in de jaren dertig van de zeventiende eeuw een aparte serie 'Pleidooiboeken' aangelegd, die ook wel 'Cladden' werden genoemd en waarin de procureurs zelf hun betogen mochten schrijven; door het gerecht werd er dan vervolgens de uitspraak in geprotocolleerd. Een gedeelte van de pleidooien (de aannemings-en de verstekzaken) bleef echter nog in de 'Recesboeken' achter en werd pas in 1733 tot een nieuwe aparte serie afgesplitst: die van de 'Condemnatieboeken'. Deze pleidooien vormden een soort rekestprocedures (vaak is sprake van requirant, met de tegenpartij als requireerde) en op de meestal condemnatie genoemde rechterlijke uitspraak hierop was in principe ook geen beroep mogelijk; de procedure werd immers door de rechter zelf geopend rechtstreeks op verzoek van één der partijen (c.q. met instemming van beide). Ook de eraan verbonden proceskosten en eventuele boetes moesten onmiddellijk worden voldaan, waarbij de financiële administratie met betrekking tot de bodewerkzaamheden bijvoorbeeld werd gevoerd in de zgn. 'Appointement-rolboekjes', die overigens vanaf 1764 tevens formeel fungeerden als totaal-overzicht van de verleende appointementen. De zittingsgelden en andere kosten werden in de 'Annotatieboeken' geadministreerd. De tenminste wekelijkse rechtszittingen waarin de aannemings- en verstekzaken werden behandeld werden geagendeerd in het 'Wekelijks Rolboek'; hiervan vormde het 'Exhibitieboek' een soort bijlage, waarin de betreffende akten van aanneming en accusationes de contumacia uit het 'Recesboek' werden gekopieerd.

Ook wanneer deze pogingen om de procedures te verkorten waren mislukt en de rechtszaak met de formele indiening van een conclusie van antwoord definitief een aanvang had genomen, bleef het streven erop gericht, haar zonder al te veel oneffenheden te kunnen afhandelen. In de eerste plaats was er het stricte voorschrift dat partijen (impetrant en gedaagde) hun eis en antwoord en de daarop volgende repliek, dupliek, tripliek en quadrupliek alle gearticuleerd (dwz. artikelsgewijs) en per libel (officieel in een boekje opgeschreven) bij de rechtbank indienden. Deze stukken kwamen terecht in dossiers, waarvan in het archief slechts voor het jaar 1533 de sporen te vinden zijn, in het 'Algemeen Gerechtsboek' of 'Procesboek', een ongeveer eigentijdse bundeling van de procesdossiers uit dat jaar.
Wanneer alle wederzijdse conclusies waren gepasseerd vond het fournissement plaats, de definitieve inlevering en completering van alle door de rechter benodigde stukken. Eventueel konden hieruit door de procureurs nog stukken worden gelicht, waarvan aantekening werd gehouden in de 'Recepisboeken'. Het lag in de bedoeling vervolgens een definitief vonnis te vellen, dat in de beknopte vorm van het dictum in het 'Dispositiefboek' en vervolgens mét de overwegingen in het 'Definitief Sententieboek' ingeschreven werd en daarna ook werd publiek gemaakt, gepronuntieerd.

Het kon zijn dat de gedaagde ten principale verstek liet gaan; gebeurde dat tweemaal, dan kon de impetrant de rechter verzoeken om te mogen dienen van intendit, dat wil zeggen dat hij een vonnis trachtte te verkrijgen louter op grond van het door hemzelf gevoerde betoog. Een aldus tot stand gekomen rechterlijke uitspraak werd tot 1639 ingeschreven in het 'Intenditboek'. Vanaf 1639 kwam zij in het 'Definitief Sententieboek' terecht; óf in het 'Interlocutoir Sententieboek', wanneer namelijk de rechter het betoog nog ontoereikend achtte. Bij een Interlocutoir vonnis werd een der partijen een nader getuigenbewijs opgelegd, of werden enkele leden van de rechtbank gecommitteerd tot een nader onderzoek van de zaak. In geval van nader getuigenbewijs moest een partij die hiermee was belast (de posant) allereerst een eed (van calumnia) afleggen (die vaak in het 'Recesboek' terug te vinden is) en een probatie (bewijsvoering) afgeven, vergezeld van een biljet van op te roepen getuigen. De enquête (het getuigenverhoor) zelf vond plaats buiten aanwezigheid van partijen. De reactie van de poseerde vond plaats in de vorm van een reprobatie, waarna een contra-reprobatie volgde (en eventueel nog weer een reproche). Tenslotte vond dan weer het fournissement plaats en werd het eindvonnis gewezen.

Een interlocutoir vonnis impliceerde dus een belangrijk oponthoud. Het vormde formeel niet helemaal een echt vonnis: het dictum ervan werd niet in de 'Dispositiefboeken' genoteerd, wél moest het officieel worden gepronuntieerd. Maar ook op andere manieren kon een zaak verder worden vertraagd, doordat er allerhande nevenprocedures werden aangespannen: gevallen van herhaald verstek, exceptie of andere bezwaren die niet op de zaak ten principale maar op de procedure waren gericht. Hier bleef uiteraard wél onverminderd de verkorte procesgang van het pleidooi van toepassing, waarin dus niet artikelsgewijs en per libel werd betoogd en waarvoor de andere hier al aangegeven criteria, omstandigheden en registratiemethoden golden.

Gedurende de procedure kon in bepaalde gevallen van een gedaagde partij worden verlangd, het geëiste bedrag bij de rechter te namptiseren of in consignatie te geven. Soms kon - bijvoorbeeld bij een interlocutoir vonnis - door de rechtbank worden bepaald dat het betreffende geld geheel of gedeeltelijk alvast aan de eiser mocht worden uitgereikt, uiteraard onder voorwaarde van eventuele restitutie. Van ontvangst en lichting van dergelijke consignatie-penningen werd proces-verbaal opgemaakt in de 'Consignatieboeken', waarin overigens ook wel consignaties terechtkwamen zonder dat er al van een rechtsgeding sprake was.

Wanneer een eindvonnis gewezen was, moest dit ook voltrokken kunnen worden. In gevallen waarbij aan de solvabiliteit of solventie van een verliezende partij werd getwijfeld kon hem van gerechtswege worden aangezegd om geen rekeningen aan derden te betalen zolang de in het proces bepaalde schuld nog niet was voldaan. Een dergelijke aanzegging werd weer in het 'Recesboek' geprotocolleerd, wat aanvankelijk ook het geval was met besluiten om vonnissen executabel te stellen. Zelf was de rechtbank belanghebbende bij de betaling van de gerechtskosten. Deze werden met andere samenhangende kosten naargelang de strekking van het vonnis door de rechter zelf over de beide partijen verdeeld. Optekening hiervan vond plaats in de 'Taxatieboeken', waar overigens ook taxaties na interlocutoire vonnissen of condemnaties in konden zijn opgenomen. Van vonnis, maar ook van de taxatie, stond beroep of appel open op het Hof van Friesland; dit moest volgens bepaalde procedures en binnen zekere termijnen worden ingesteld.
Indien de verliezer (de triumfeerde of gedoemde) niet aan het vonnis voldeed, kon de triumfant maar ook de rechtbank als arrestant beslag laten leggen op (een gedeelte van) diens goederen; openbare verkoop daarvan vond - op initiatief van het gerecht zelf of op verzoek van de arrestant - van overheidswege plaats door de Executeur. Processen-verbaal van de beslaglegging en eventuele aantekening van verkoop of anderszins kregen een plaats in de 'Executieboeken'.

Verantwoordelijk voor de rechterlijke taak was dus het gehele stadsbestuur, dat in de meest cruciale fasen dan ook de facto plenair als rechtbank optrad. Veel werk werd echter verzet door de vier burgemeesters, die - als President of als Commissaris van de Rolle - vooral sedert c.1603 de direct verantwoordelijke uitvoerders werden voor de formele processuele handelingen die buiten de officiële rechtszittingen moesten worden verricht; op de rechtdagen voor en na de zitting, maar ook wel op andere dagen. Ook speelden zij een hoofdrol in de pogingen om zaken in der minne te schikken voordat het tot een echt proces kwam. Men vindt hun activiteiten dus voor een aanzienlijk gedeelte in de 'Recesboeken' terug. Soms blijkt de president gemachtigd, bepaalde rekestprocedures geheel alleen af te handelen. Van een speciale rol van de Schepenen (dwz. die van vóór 1795), die toch oorspronkelijk het gerecht moeten hebben uitgemaakt, komt merkwaardigerwijs eigenlijk geen duidelijk beeld naar voren.
Bij de behandeling van de zaken ten principale, van de kernprocedures, speelden de vier Pensionarissen een hoofdrol; in de magistraat zelf hoefde immers geen juridische deskundigheid voorhanden te zijn. De pensionarissen formuleerden de concept-sententies en dienden het gerecht ook overigens van advies.

De officiële rechtszittingen werden in principe eenmaal per week gehouden, in bepaalde periodes echter ook wel vaker. Zo'n zitting begon meestal om tien uur 's ochtends en eindigde om een uur of drie; ervoor en erna konden dan nog de noodzakelijke met de te behandelen zaken samenhangende procedurele handelingen worden verricht, zoals citaties ervóór en arrestaties van insolvent geachte partijen erna. Oorspronkelijk werden de vonnissen samen met de taxaties uitsluitend uitgesproken en formeel in werking gesteld op een der vaste pronuntiatiedagen (zes of zeven per jaar). Later werd dit systeem versoepeld en nam het aantal extraordinaris-pronuntiaties toe. Tenslotte konden bijvoorbeeld de interlocutoire sententies ook op de gewone rechtdagen worden gepronuntieerd.