Naast het Diakonessenhuis had Leeuwarden nog twee andere ziekenhuizen, het gemeentelijke Stadsziekenhuis en het rooms-katholieke Sint Bonifatius Hospitaal. Het Stadsziekenhuis werd door de gemeente Leeuwarden in 1842 gesticht. In 1883 legden drie ziekenzusters uit Münster de basis voor het Sint Bonifatius Hospitaal. Het Stadsziekenhuis werd in het begin van jaren zeventig van deze eeuw samengevoegd met het gemeentelijk verpleeghuis en het gemeentelijk verzorgingstehuis tot de gemeentelijke zorginstelling Triotel. Na het van start gaan van Triotel bleef men doorgaan met te spreken van de (drie) Leeuwarder ziekenhuizen. Van samenwerking en taakverdeling tussen de drie ziekenhuizen was in de eerste helft van deze eeuw nog weinig sprake. Wel werd er met het Stadsziekenhuis al voor de Tweede Wereldoorlog samengewerkt in de opleiding van leerling-verpleegsters. Deze opleiding werd gezamenlijk verzorgd mede in verband met de geringe omvang van het aantal leerlingen van het Stadsziekenhuis en het beperkte aantal medisch specialisten dat voor de opleiding beschikbaar was.

De samenwerkingsgeschiedenis had een andere loop kunnen krijgen door een verzoek van de gemeente Leeuwarden in 1915. In mei van dat jaar verzocht burgemeester en wethouders aan het Diakonessenhuis en het Sint Bonifatius Hospitaal of één van beide ziekenhuizen de zorg voor de stadspatiënten over zou willen nemen, omdat de vraag zich voordeed of het Stadsziekenhuis wel of niet moest blijven bestaan. De directie aanleiding tot dit verzoek was het vertrek van de directeur-geneesheer van het Stadsziekenhuis. Voordat er een vervanger werd gezocht, wilde het college nogmaals onderzoeken of het mogelijk was om het Stadsziekenhuis op te heffen. Nogmaals, want in 1903 was dat ook al onderzocht. Zowel het bestuur van het Diakonessenhuis als het bestuur van het Sint Bonifatius Hospitaal stonden niet afwijzend tegenover een overname van de patiënten van het Stadsziekenhuis, maar moesten hiervan afzien in verband met ruimtegebrek. Geld om de ziekenhuizen uit te breiden was niet aanwezig. Verder vond het bestuur dat bij de komst van stadspatiënten er dan bij het ziekenhuis een geneesheer-directeur moest worden aangesteld. Iets wat het bestuur niet zo zag zitten. Een precieze reden voor het voornemen tot opheffing van het Stadsziekenhuis werd door burgemeester en wethouders niet gegeven, maar zij zagen in ieder geval voordelen. Zo was er minder speciale en kostbare apparatuur nodig, zoals bijvoorbeeld röntgenapparatuur.

Met het Sint Bonifatius Hospitaal was er in 1952 overleg over de toelating van medisch specialisten tot de ziekenhuizen. Het aantal medisch specialisten dat in het Diakonessenhuis patiënten ging behandelen was enorm gestegen. Het bestuur besloot daarom in overleg met het bestuur van het Sint Bonifatius Hospitaal om de toelating van artsen te verbinden aan een vergunning. Hierdoor werd de grote toevloed van medisch specialisten geremd.

In 1956 zag de gemeente Leeuwarden zich door de achteruitgang van de huisvesting van het Stadsziekenhuis voor de vraag geplaatst of er een nieuw ziekenhuis voor moest komen of dat het Diakonessenhuis de zorg voor de stadspatiënten zou kunnen overnemen. Het Diakonessenhuis wilde hier wel met de gemeente Leeuwarden over praten, maar dan moest de gemeente wel het protestantse karakter van het ziekenhuis respecteren. Later deelde de gemeente mee dat van verdere samenwerking voor de vervanging van het Stadsziekenhuis werd afgezien op grond van de ongunstige ligging van het Diakonessenhuis uit het oogpunt van de bescherming van de burgerbevolking. Later bleek dat niet de enige reden te zijn. Het Diakonessenhuis had via het Leeuwarder Medisch Specialisten Genootschap vernomen dat de gemeente geen kans zag om met het ziekenhuis samen te werken in verband met de positief christelijke grondslag, die zich in het personeelsbeleid zou uiten. Het ziekenhuis liet via de medisch specialisten aan de gemeente weten dat men tot samenwerking bereid bleef, maar dat het niet van plan was om het protestantse karakter te veranderen.

In samenwerking met de twee andere ziekenhuizen begon in 1958 overleg om te komen tot coördinatie van alle ziekenverpleging in Leeuwarden. De moeilijkheid daarbij bleek dat geen van de drie ziekenhuizen de verpleging van bepaalde ziekten geheel aan (één van) de anderen wilde overlaten. Toch was het toen wel duidelijk dat niet alle geneesmethoden in elk van de drie ziekenhuizen konden worden toegepast. De ziekenhuizen besloten om dit moeilijk overleg open te houden en bij de opzet van nieuwe bouwplannen overleg met elkaar te plegen. In 1959 stond het er nog net zo voor, maar de geneigdheid bleef om met elkaar over bouwplannen overleg te plegen. Men wilde voorkomen dat in een tijd van een tekort aan ziekenhuisruimte en -installaties ieder ziekenhuis hetzelfde zou bouwen. Met de gemeente Leeuwarden was er in 1960 overleg over de inrichting van een nieuw gemeentelijk ziekenhuis waartoe de gemeente wilde overgaan. In datzelfde jaar was er met het Sint Bonifatius Hospitaal contact over de toelating van medisch specialisten. Het overleg tussen de drie ziekenhuizen over elkaars bouwplannen leverde in 1960 weinig nuttige resultaten op. De ziekenhuizen wensten nog steeds hun zelfstandigheid te bewaren en wilden graag zoveel mogelijk hun eigen patiënten van dienst zijn.

In 1961 en 1962 nam het Diakonessenhuis tezamen met de andere twee ziekenhuizen deel aan de oprichting van een aantal stichtingen. De Stichting Klinisch Chemisch Laboratorium Leeuwarden werd in 1961 opgericht. De 'Stichting Roode Kruis Leeuwarder Bloedbank en Thrombosedienst' en de Stichting Kankercentrum Friesland werden in 1962 gesticht. Deze instellingen werden opgericht om onder meer een groot aantal onderzoeken van de ziekenhuizen over te nemen en te coördineren. Met deze vorm van samenwerking werd gestreefd naar organisaties die beter werk konden leveren dan ieder ziekenhuis afzonderlijk.

Eind 1962 ging er een contactcommissie tussen het Diakonessenhuis en het Sint Bonifatius Hospitaal van start. Het Stadsziekenhuis wenste in het begin nog niet aan de besprekingen deel te nemen. In eerste instantie ging het overleg over de toelating van en de verhouding tot medisch specialisten, later besprak de contactcommissie vele gezamenlijke problemen. De contactcommissie ontwikkelde zich tot een geformaliseerd overleg tussen de drie ziekenhuizen met het doel om te geraken tot verdieping van de samenwerking en een meer gecoördineerde verdeling van taken en functies. Het overleg in die tijd en ook later was vaak moeizaam. De ene keer werd er vergaderd in een sfeer van hartelijke samenwerking, de andere keer in een sfeer van onderling wantrouwen. In 1964 werd door het ziekenhuis met dankbaarheid gewag gemaakt van een groeiende samenwerking met de andere twee ziekenhuizen en werd de noodzaak uitgesproken om zich met de andere instellingen te beraden op een functionele taakverdeling.

Met het bestuur van het Sint Bonifatius Hospitaal was er in 1966 en 1967 overleg met het Leeuwarder Medisch Specialisten Genootschap over de wenselijkheid om te komen tot stafvorming en over de gevolgen daarvan voor te sluiten contracten tussen medisch specialisten en de ziekenhuizen. In 1967 werd overeenstemming bereikt met de medisch specialisten over het contract tussen ziekenhuis en specialist, en over het reglement voor de medische staf. Daarop aansluitend werd in 1968 begonnen met het ontwerpen van een taakverdeling tussen de ziekenhuizen. Door bezinning over de toekomstige ontwikkeling ontstond in 1969 bij het ziekenhuis de overweging, dat men een deel was van een groter geheel dat de intramurale zorg in de regio behartigde. Het ontwerp van de taakverdeling vond in 1969 verdere voortgang. Er werd daarbij steeds contact onderhouden met de medisch specialisten, want de taakverdeling was verbonden met de vorming van medische staven.

In 1970 besloot het bestuur om af te zien van sanering van het gebouwencomplex aan de Noordersingel en een nieuw ziekenhuis te laten bouwen op een andere plaats. Het bestuur was van mening dat de nieuwbouw niet alleen een zaak van het ziekenhuis was, maar gezien moest worden in relatie tot de totaliteit van het ziekenhuiswezen in Leeuwarden. Voorts was het bestuur de overtuiging toegedaan dat voor deze totaliteit de verantwoordelijkheid gezamenlijk gedragen moest worden. Het bestuur trad hierover in contact met de twee andere ziekenhuizen. Per 1 januari 1971 werd het Diakonessenhuis net als de andere twee instellingen een zogenoemd gesloten ziekenhuis met een eigen medische staf met een officiële status. In dat jaar verliep het overleg tussen de ziekenhuizen moeizaam. Het bestuur deed in dat jaar voorstellen om de contactcommissie te institutionaliseren en daaraan een aantal bevoegdheden over te dragen. Dit ging niet door omdat het Sint Bonifatius Hospitaal de gedane voorstellen afwees.

Hoewel de problemen nog lang niet opgelost waren, kwam er in 1972 toch een gezamenlijke intentieverklaring met de gemeente Leeuwarden tot stand om op korte termijn met Triotel tot één organisatorisch samenwerkingsverband te komen. Door het ziekenhuis en de gemeente werd voor de nadere uitwerking van de bereidverklaring een stuurgroep ingesteld met een vierledige opdracht. Aan de stuurgroep was opgedragen om de ziekenhuisbesturen voorstellen te doen op welke wijze aan de voorgenomen integratie vorm kon worden gegeven. Het Sint Bonifatius Hospitaal wilde niet aan de bereidverklaring meedoen en hield zich (toen nog) afzijdig. Het bestuur van het Sint Bonifatius Hospitaal was in principe wel tot samenwerking bereid, maar waren de voorwaarden opgenomen in de bereidverklaring voor hen niet aanvaardbaar. In april 1972 vroegen het Diakonessenhuis en de gemeente Leeuwarden ter uitvoering van de bereidverklaring de minister van Volksgezondheid en Milieuhygiëne om medewerking aan vervangende nieuwbouw van het ziekenhuis en de bouw van overbruggingsvoorzieningen voor onderzoek en behandeling van patiënten bij het bestaande gebouwencomplex. De toen functionerende ziekenhuiscommissie gaf echter te kennen, dat alvorens een beslissing op de eerstgenoemde aanvraag genomen kon worden, er door de drie ziekenhuizen eerst een gemeenschappelijk beleidsplan voor de ziekenhuis-voorzieningen in Leeuwarden voor de toen komende tien jaar moest worden opgesteld. De ziekenhuiscommissie zou pas een standpunt bepalen en advies over de eerstgenoemde aanvraag aan de minister uitbrengen als er een beleidsplan op tafel lag.

De stellingname van de ziekenhuiscommissie leidde ertoe dat op initiatief van de Geneeskundig Inspecteur van de Volksgezondheid voor Friesland pogingen werden ondernomen om te komen tot besprekingen over een mogelijk samenwerkingsverband tussen de drie ziekenhuizen. In het begin van 1973 werd door de drie ziekenhuizen een beleidsgroep gevormd, samengesteld uit de besturen, directies en medische staven. Deze beleidsgroep ging zich beraden over de structuur van de samenwerking en de lokalisatie plus functieverdeling van de voorzieningen. De stuurgroep

Diakonessenhuis-Triotel werkte ondertussen verder. Later kregen de activiteiten voortvloeiende uit de besprekingen tussen de drie ziekenhuizen voorrang.

De beleidsgroep en de daarvan deel uitmakende werkgroepen probeerden voor het einde van 1973 een rapport aan de ziekenhuisbesturen uit te brengen. Bestond er over de noodzaak van de integratie en het doel daarvan in dat stadium reeds overeenstemming, met name over de locatiekeuze kon geen overeenstemming worden bereikt. Het overleg resulteerde slechts in een interimnota, waarin door de beleidsgroep de doelstelling van de integratie en een aantal uitgangspunten werden aangegeven. De besprekingen werden in 1974 voortgezet. Dit gebeurde op bestuursniveau onder leiding van de Geneeskundig Inspecteur van de Volksgezondheid voor Friesland. De voorgestelde integratie zou bestaan uit een overgangsfase en een eindfase. Tijdens dit overleg werd over de overgangsfase overeenstemming bereikt. Voor de eindfase was dit niet het geval. In de overgangsfase moest er een overkoepelende besluitencentrale komen, die handelingsbevoegdheid kreeg ten aanzien van bepaalde zaken. De drie ziekenhuizen bleven tijdens de overgangsfase wel autonoom. De overgangsfase was de fase waarin de juridische eenwording diende te worden geregeld. Een verschil van mening over de bestuurssamenstelling en de beslissingsbevoegdheid in de eindfase bleek op dat moment onoverbrugbaar. Het overleg werd in de zomer van 1974 afgebroken.

In het najaar van 1974 moest men bij het ziekenhuis constateren dat hetgeen de beleidsgroep had voorgelegd teveel afweek van het uitgangspunt van het bestuur. Het bestuur zag zich genoodzaakt om het voorgestelde niet goed te keuren. Een door het bestuur voorgesteld compromis bleek evenmin haalbaar. Het ziekenhuis vond dat, wilde Leeuwarden ooit haar centrumfunctie waarmaken, dan was een op den duur volledige integratie van de ziekenhuizen vereist. Het ziekenhuis wendde zich tot de gemeente met het verzoek gezamenlijk de mogelijkheden na te gaan van een verdere uitwerking van de bereidverklaring van april 1972. De gemeente Leeuwarden was van oordeel dat dit een stap terug zou betekenen en wilde dat ook het Sint Bonifatius Hospitaal aan verder overleg deel zou nemen.

Het overleg tussen de drie ziekenhuizen kwam eind 1974 weer op gang en duurde tot in april 1975. Uitgaande van de overeenstemming over de overgangsfase werd in deze periode overeenstemming bereikt over de eindfase. In de eindfase moest er één ziekenhuisinstituut komen met een hoofdbestuur, dat alle bevoegdheden zou hebben met betrekking tot de beide ziekenhuislocaties. Dit bestuur zou gevormd worden door aanwijzing van vijf leden door het Sint Bonifatius Hospitaal, vijf leden door het Diakonessenhuis en drie leden, waaronder de voorzitter, door de gemeente Leeuwarden. In juni 1975 werd op basis van de gemaakte afspraken een voorbereidingscommissie ingesteld. De voorbereidingscommissie kreeg onder andere als taak het tot stand brengen van de besluitencentrale voor de overgangsfase. Door de voorbereidingscommissie werd eind 1975 van ieder ziekenhuis een standpunt gevraagd ten aanzien van de rechtsvorm van het ziekenhuisinstituut in de eindfase. Door alle partijen werd gekozen voor een stichting in de zin van artikel B3 van de Algemene Burgerlijke Pensioenwet, een zogenoemde overheidsstichting.

De voorbereidingscommissie kon eind 1976 de voorbereidingen van een besluitencentrale voor de overgangsfase afronden. Dit ging gepaard met niet altijd even makkelijke besprekingen. Op 20 december werd een notariële akte tot samenwerking tussen de drie ziekenhuizen getekend als eerste stap op weg naar volledige integratie. Als uitwerking van de in december 1976 gesloten overeenkomst werd in januari 1977 de commissie samenwerking Leeuwarder ziekenhuizen ingesteld. De ziekenhuisbesturen droegen belangrijke bestuurlijke bevoegdheden over aan de commissie. In de overgangsfase zou de commissie gaan opereren als de eerder genoemde besluitencentrale met een concrete doelstelling en fundamentele bevoegdheden ten aanzien van het functioneren van de ziekenhuizen afzonderlijk en als geheel. Ter ondersteuning van het werk van deze commissie en om de betrokkenen reeds in een vroeg stadium bij de integratie te betrekken, werden twee overlegcommissies voor personeel en medische staven geïnstalleerd. In de tweede helft van 1977 werd door de commissie vijf taakgroepen ingesteld met het doel beleidsvoorstellen aan de commissie te doen voor het ziekenhuisinstituut in de eindfase. De taakgroepen moesten adviseren omtrent de bestuurs- en organisatiestructuur, het arbeidsvoorwaarden- en rechtspositiebeleid, het gecoördineerd personeelsbeleid, het financieel-economisch beleid en de dienstverlening en functieverdeling.

Het integratieproces verliep in 1978 langzamer dan was verwacht. De door de taakgroepen uitgebrachte rapporten vergden in de ziekenhuizen veel overleg en het vrijgeven van een aantal rapporten door de commissie samenwerking Leeuwarder ziekenhuizen liep vertraging op. Toch was er vooruitgang, met name op financieel gebied en op het terrein van personeelszaken. Voorts werden in 1978 de concept-statuten van het ziekenhuisinstituut in de eindfase, de zogenoemde B3-stichting, ter bespreking aan de ziekenhuisbesturen aangeboden. In 1979 en 1980 werden de rapporten van de taakgroepen, met uitzondering van die over de bestuurs- en organisatiestructuur, definitief vastgesteld. Door de commissie samenwerking Leeuwarder ziekenhuizen werd een organisatie-adviesbureau ingeschakeld om te adviseren omtrent de directiestructuur van het ziekenhuisinstituut in de eindfase.

In 1981 kon na intensieve voorbereidingen de bestuurs- en organisatiestructuur van het ziekenhuisinstituut in de eindfase worden vastgesteld. Op 28 januari 1982 werd door de drie ziekenhuizen de oprichtingsakte van de Stichting Medisch Centrum Leeuwarden ondertekend en werden het bestuur en directie van het centrum direct operationeel. De statuten van de Vereniging Het Diakonessenhuis te Leeuwarden werden in de loop van 1982 zo aangepast dat het bestuur werd gevormd door de nieuwe stichting. De vereniging bleef nog een aantal jaren als rechtspersoon bestaan zodat de rechtspositie (pensioenvoorzieningen) van personeel en oud-personeel voor een tijd gehandhaafd kon blijven. Ook moest nog de juridische overdracht van de door de vereniging overgedragen activa en passiva aan de stichting worden geregeld. Deze juridische overdracht vond plaats in september 1985. Voor de fusie waren de fondsen van de vereniging al ondergebracht in een aparte stichting, de Stichting Het Diakonessenhuis.