In het jaarverslag over 1845/1846 spreekt de toenmalige secretaris R.D. Smeding in een overzicht van de geschiedenis van het Genootschap het vermoeden uit, dat de oprichting van een in natuurkunde geïnteresseerd gezelschap al in 1792 plaatsvond. Het oudste in het archief aanwezige stuk is een uit 1797 daterend "Reglement voor de Sociëteit tot beoeffening van de proefondervindelijke natuurkunde", welke sociëteit dan 17 leden blijkt te tellen. In 179S stelde men een bestuur samen van zes leden: een rentmeester, twee fiscaals, twee directeuren en een schrijver. De vergaderingen werden 's winters gehouden. In bewaard gebleven rekeningen uit die tijd noemt men zich "Phisiis Collegie" en in 1804 worden er nieuwe reglementen voor het "Natuurkundig Gezelschap te Leeuwarden" opgesteld. Men ging nu ook 's zomers vergaderen. Leden konden zich aanmelden als "werkend lid", hetgeen betekende, dat zij natuurkundige verhandelingen zouden voorlezen en/of proefnemingen doen (het begrip "werkende leden" werd in 1872 weer afgeschaft).

In 1830 werden nieuwe reglementen gemaakt voor het "Natuurkundig Genootschap", zoals men zich nu definitief noemt. Het doel der vereniging wordt omschreven als "de aankweeking en verbreiding van nuttige kennis in de onderscheidene vakken der Natuurkunde en in andere tot haar in betrekking staande wetenschappen". Men heeft het begrip Natuurkunde steeds zo ruim mogelijk geïnterpreteerd. Spreekbeurten over tal van onderwerpen werden vervuld door de leden zelf, later ook door uitgenodigde sprekers, na 1896 zelfs voornamelijk door de laatsten. 1830 brengt nieuwe bepalingen omtrent het bestuur, dat bestaat uit vijf leden, waaronder voorzitter, secretaris en penningmeester. Bestuursleden fungeren één jaar doch zijn herkiesbaar en worden door de leden verkozen uit dubbeltallen uit de werkende leden. Er worden ook nieuwe ereleden verkozen, mannen "in staat, voor de belangen des Genootschaps bijzonder nuttig te zijn": men benoemde ettelijke Franeker hoogleraren, die zich inderdaad zeer voor het Genootschap hebben ingespannen, zodat het verdwijnen van het Atheneum in Franeker (1843) en daarmee ook van de leraren, voor het Genootschap een gevoelig verlies was, al werd de allengs aangelegde instrumenten-verzameling verrijkt met enkele van het Atheneum afkomstige toestellen. Sinds 1872 werden er alleen wintervergaderingen gehouden, maar tevens openbare vergaderingen met dames en vergaderingen voor dames alleen. In het seizoen 1877/78 meldden zich de eerste vrouwelijke leden aan: de directrice der M.H.B.S., mej. R. Plaat, en één harer leraressen.

Rond 1880 beleefde het Genootschap een bloeiperiode, die zich o.a. uitte in de aanschaf van een dynamo-electrische machine, een electrische lamp en een 2 pk gasmotor, die werden opgesteld in een daartoe opgericht gebouwtje in de tuin van het Spaarbankgebouw aan het Zaailand, waar men in die tijd vergaderde. Het reglement van 1910 vermeldt naast gewone en ereleden (die gasten konden introduceren) ook buitengewone leden: huisgenoten van leden, benevens zij, die door het bestuur worden geacht "daarvoor in de termen te vallen" (volgens het reglement van 1916: die een lager jaarinkomen hebben dan f.2001,-). In 1916 kunnen ook buiten de gemeente woonachtigen buitengewoon lid worden. Werd de boekerij van het Genootschap reeds in 1877/1878 opgeheven, ten aanzien van de instrumenten wordt in het reglement van 1910 vermeld, dat zij successievelijk van de hand gedaan zullen worden. Gedurende haar bestaan heeft het Genootschap naast bloeiperioden ook zeer moeilijke tijden gekend (in 1829 telde het nog slechts tien leden, in de winters van 1870/1871 en 1871/1872 werd zelfs niet vergaderd en in 1896 stelde het bestuur een "rustperiode" voor). Ook in de 20e eeuw klaagt men in de jaarverslagen van tijd tot tijd over achteruitgang van het ledental en op 11 december 1970 valt definitief het doek, als tot ontbinding van de vereniging wordt overgegaan. De archivalia (c. 1,5 m1), waarvan het grootste gedeelte al in 1923 werd overgedragen aan het Gemeentearchief, zijn in 1981 geordend. Vermelding verdient nog, dat de jaarverslagen-verzameling der Stedelijke Bibliotheek een groot aantal jaarverslagen van het Natuurkundig Genootschap bevat, die in het archief ontbreken. Gemeentearchief Leeuwarden, P.R. Dam.